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상세정보

  • 타입: Case study
  • 일시: 2013-03-04

FS-Tax Brief 1호 

금융기관 관련 최신 예규 및 판례

 

목차

1. 법인세법

2. 소득세법

3. 부가가치세법
4. 조세특례제한법

5. 기타세법

 

 

 

1. 법인세법

 

[1] 법규소득2012-513, 2013.01.24
【제목】
특허권 유동화거래에 따라 실질이 이자소득인 실시료를 지급하는 경우에도 실시료를 지급받는 자가 투자신탁재산인 경우 「법인세법」 제73조 제2항에 따라 원천징수의무가 발생하지 않는 것임

【질의】
(사실관계)
o 갑법인 전자기기 제조ㆍ판매업을 경영하는 법인으로 제조와 관련한 특허에 대한 국내외 출원과 등록활동을 활발히 하고 있으며 지적재산권 보유 현황은 다음과 같음.


<지적재산권 보유현황>
(단위: 건)

 

구분 국내특허
(실용신안 포함)
해외특허 디자인
(국내 및 해외)
 상표
(국내 및 해외)
출원 10,026 1,925 1,057 654
등록 2,747  616  993  442

 

o 신청인은 보유 중인 특허권을 유동화하기 위한 목적으로
  2012.10.04. 투자신탁1호와 투자신탁2호의 신탁업자인 ××주식회사에
  특허권을 양도하는 매매계약을 체결함과 동시에 ××주식회사로부터 양도된 특허권에 대한 전용실시권을 부여 받는 전용실시권부여계약 (이하 “특허권 유동화거래”라 한다)을 체결함.

 

o 특허권 유동화의 거래 상대방인 투자신탁1호 및 투자신탁2호는 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」(이하 “자본시장법”이라 한다)에 따른 집합투자기구로 투자신탁에 해당하며
  2012년 11월에 금융감독원에 집합투자기구로 등록됨.

 

o 갑법인과 투자신탁1호ㆍ투자신탁2호와 신탁업자인 ××주식회사 간에 이루어지는 특허권 유동화 거래의 개요는 다음과 같음.
  1단계(특허권 매각) : 투자신탁1호, 투자신탁2호의 신탁업자인 ××주식회사에 보유중인 특허권을 22,736백만원(투자신탁 1호 : 13,636백만원, 투자신탁2호 : 9,100백만원)에 매각
  2단계(매각대금 지급& 우선매수권 부여) : 매수자인 ××주식회사는 신청인에 매각대금을 지급하고 추후 신청인이 양도된 특허권을 우선매수할 수 있는 권리 부여
  3단계(전용실시권) : 매수자인 ××주식회사는 거래종결일 (2012.10.4. 또는 당사자들이 별도로 합의하여 정하는 날)부터 2014.10.3. (또는 투자신탁만료일과 해지일의 빠른날)까지 양수한 특허권에 대한 전용실시권을 당사에 부여하는 계약 체결
  4단계(전용실시료 지급) : 전용실시권에 대한 실시료로 특허권 매매대금의 6.6%에 해당하는 금액을 매년 ××주식회사에 지급 (매분기별 지급)
  5단계(우선매수권 행사 및 재매입) : 신청인은 특허권 매매계약을 통해 부여 받은 우선매수권을 2012.10.15. 행사하였고 매각된 특허권을 22,736백만원(투자신탁1호 : 13,636백만원, 투자신탁2호 : 9,100백만원)에 2014.10.3. 재매입하게 될 예정임.

 

2012.10.15. 행사하였고 매각된 특허권을 22,736백만원(투자신탁1호 : 13,636백만원, 투자신탁2호 : 9,100백만원)에 2014.10.3. 재매입하게 될 예정임.

 

o 특허권유동화 거래와 관련하여 신청인은 차입거래로 보아 아래와 같이 회계처리 할 예정임.

 구분   회계처리

 1. 특허권 양도시

(2012.10.4) 

 (차) 현금 22,736,363,636  (대) 장기차입금 22,736,363,636
 2. 전용실시료 지급
(매3개월 지급) 
 (차) 이자비용 375,150,000* (대) 현금 375,150,000

 3. 특허권 재매입

(2014.10.3) 

 (차) 장기차입금 22,736,363,636 (대) 현금 22,736,363,636

 

* 이자비용= 22,736,363,636X6.6%/4=375,150,000

 

(질의요지)
o 특허권 유동화거래를 기업회계기준에 따라 차입거래로 판단하여 이자소득 성격의 실시료를 투자신탁재산에 지급하는 경우 원천징수 여부

 

【회신】
내국법인이 보유 중인 특허권을 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 집합투자기구에 양도하면서 해당 특허권 사용에 대한 전용실시권을 부여받고 2년 후 매각대금과 동일한 금액으로 그 특허권을 재매수하는 거래를 차입거래로 판단하여 이자소득 성격의 실시료를 집합투자기구에 지급함에 있어 해당 실시료가 「소득세법」 제16조 제1항에 따른 이자소득에 해당하는 경우에도 「법인세법」 제73조 제2항에 따라 투자신탁재산에 귀속되는 시점에는 해당 소득금액이 어느 누구에게도 지급된 것으로 보지 아니하여 원천징수의무가 발생하지 않는 것임.

 

[2] 법인-798, 2012.12.24
【제목】
「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제4조 제2호에 따라 민간투자방식으로 취득하는 자산은 사용수익기부자산에 해당되며, 이 경우 감가상각범위액과 비교하여 손금부인(유보처분)된 금융리스채권상각 한도초과액은 금융리스 계약만료일이 속하는 사업연도에 손금산입하는 것임

 

【질의】


(사실관계)
o **(주)(이하 “내국법인”)는 「사회기반시설에 대한 민간투자법」(이하 “민간투자법”)에 따라 자금을 투자하여 사회기반시설인 학교를 건설한 후 국가 등에 소유권을 이전하고
- 해당사업의 시행자인 내국법인은 20년간 시설사용권을 인정받아 국가 등에 시설을 임대함으로써 투자비를 회수하는 사업방식(BTL방식)을 영위하고 있음(민간투자법 제4조 제2호).

 

o 내국법인은 자산을 준공하여 기부채납하는 경우 건설중인 자산을 금융리스채권으로 대체한 후
  시설임대료 수취시 수취금액 중 이자상당액을 초과하는 부분은 금융리스 채권의 상각액으로 회계처리 하고 있음.

 

     〈준공 후 기부채납시〉
     (차) 금융리스채권 ***    (대) 건설중인 자산         ***


     〈시설임대료 수령시〉
     (차) 현금 ***            (대) 금융리스채권          ***
                                   금융리스채권 이자수익 ***

 

o BTL방식 사업의 경우 기업회계상 사업초기에는 감가상각액이 적게 계상되고 만료시점으로 갈수록 감가상각액이 커지는 구조이며
  법인세법상 사용수익기부자산은 기부채납기간 동안 정액법으로 상각하도록 규정하고 있어
  사업 초기에는 감가상각 시인부족액이 나오고 만기시점으로 갈수록 상각부인액이 발생하여,
  결국 사업만기시점에 상각부인액이 추인되지 아니하고 유보로 남아있게 되는 현상이 발생함.

 

(질의요지)
o 내국법인이 국가등으로부터 받기로 한 리스료 수입 중 이자상당액을 초과하는 금융리스채권액을 감가상각액으로 보아 상각범위액과 비교하여 시부인하고 한도초과액을 유보처분한 경우, 해당 유보액의 세무처리 방법

 

【회신】
「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제4조 제2호에 따라 민간투자방식(BTL방식)으로 취득하는 자산은 사용수익기부자산(이하 “해당자산”)에 해당되며

 

내국법인이 해당자산을 기업회계기준에 따라 금융리스로 처리한 경우에는 받기로 한 리스료 수입 중 이자상당액을 초과한 금융리스채권 상각액을 「법인세법」 제25조 제1항에 따른 장부가액을 직접 감액한 감가상각비로 보아 같은 법 시행령 제26조 제1항 제7호에 따른 감가상각범위액과 비교하여 시부인하는 것임.

 

이 경우 감가상각범위액과 비교하여 손금부인(유보처분)된 금융리스채권상각 한도초과액은 금융리스 계약만료일이 속하는 사업연도에 손금산입하는 것임(법규과-1455, 2012.12.10).

 

[3] 조심2011서718, 2012.11.22
【제목】
신용보증기금약관 등은 보증기관의 보증채무 이행범위를 말하는 것으로 당사자간의 특별한 약정에 따른 대출 회수금의 변제충당순서를 정하는 것이 아닌 것으로 보이므로 이자수익부터 충당한 처분청의 처분은 정당하나, 회사정리절차에 따라 청구법인에게 원금을 상환한 것으로 보여지는 바 동 금액을 이자수익으로 소득금액을 조정한 후 익금에 산입한 처분은 잘못이 있음

 

【주문】
1. OOO세무서장이 2010.9.15. 청구법인에게 한 법인세 2005 사업연도 OOO원, 2006 사업연도 OOO원, 2007 사업연도 OOO원, 2008 사업연도 OOO원의 부과처분은 청구법인이 대여금의 일부를 변제받은 경우 원금, 이자의 순으로 충당순서를 변경함에 따른 2006사업연도 ∼ 2009 사업연도 이자수입 OOO원과 2006 사업연도 OOO방적 주식회사의 보증채무 이행금액 OOO원을 익금에서 제외하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

 

2. 나머지 심판청구는 기각한다.

 

【이유】
1. 처분개요
가. OOO은행(이하 “청구법인”이라 한다)은 1976년 7월 수출입, 해외투자 및 해외자원개발 등 대외 경제협력에 필요한 금융을 제공할 목적으로 설립한 비영리법인으로서, ① OOO공사로부터의 수출보험약관에 따른 대출원리금의 대위변제 금액 OOO원, ② 신용보증기금 및 기술신용보증기금 등으로부터의 보증계약에 의하여 대출원리금의 대위변제 금액 OOO원, ③ 청구법인이 정리대상여신으로 분류된 대출금을 주채무자로부터 일부 회수한 금액 OOO원 등을 수령한 후 이를 원금을 먼저 회수한 것으로 회계처리하여 각 사업연도 법인세를 신고하였다.

 

나. OOO지방국세청장은 2010.6.21.∼2010.8.27.까지 청구법인에 대한 조사를 실시하여, 위 대위금변제 금액의 변제순서는 청구법인이 원리금 상환에 대한 충당순서의 약정이 없어 임의로 원금을 먼저 회수한 것으로 보아 법인세법시행규칙 제56조의 규정을 적용하여 원금보다 이자를 우선 회수한 것으로 하여 소득금액을 조정한 후 2010.9.15. 청구법인에게 법인세 2005 사업연도 OOO원, 2006 사업연도 OOO원, 2007 사업연도 OOO원, 2008 사업연도 OOO원을 경정고지(2009 사업연도는 결손발생으로 소득금액 조정만 있고 법인세 부과처분은 없음)하였다.

 

다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.12.02. 심판청구를 제기하였다.

 

2. 청구인 주장 및 처분청 의견
가. 청구인 주장
(1) 주위적 청구 : 청구법인의 보험금 회수액은 당사자간 특별한 약정에 해당하는 보험약관에 따른 보상범위에 따라 연체원리금을 회수한 것이고, 이에 따라 원금 및 이자회수로 인한 세무상 소득을 정확하게 신고하였는바, 이자수익을 누락한 것으로 간주하여 법인세를 부과한 처분은 전액 취소되어야 한다.
예비적청구 : 청구법인은 정상이자의 95% 및 장부상 채권잔액을 초과하는 금액 합계 USD OOO 만큼 수익을 인식하였는데 처분청5////은 이를 무시하고 보험금 회수액 중 USD OOO을 익금에 산입하였는 바, 수익으로 인식한 USD OOO은 이중과세이다.

 

(2) 채무자가 보증기관(신용보증기금 및 기술신용보증기금 등)으로부터 발급받아 대출기관에 제공하는 신용보증서에 첨부된 보증약관에는 보증채무의 이행범위인 원금과 이자의 대위변제 범위가 명시되어 있고, 이에 따라 보증채무가 이행되고 있으므로, 이러한 약관의 규정을 원금과 이자의 충당순서에 관한 특별한 약정으로 보아야 할 것인 바, 약관에 따른 대위변제 내역을 무시하고 근거없이 이자수익이 누락된 것으로 간주하여 과세한 금액은 전액 취소되어야 한다.

 

(3) 청구법인은 정리대상여신에 대해서 은행여신거래기본약관의 규정에 따라 이자보다 원금에 먼저 충당하

였는바, 국세청 유권해석에서는 이러한 경우 특별한 약정이 있는 것으로 인정하고 있고 대법원판례에서도 이러한 충당은 유효한 것으로 인정되었는 바, 특별한 약정에 따른 변제충당이므로 세무상 인정되어야 한다.

 

(4) 위 쟁점이 모두 받아들이지 아니한다면, 청구법인이 금융감독원으로부터 대손승인을 받고 대손상각한 금액 OOO원을 당해 사업연도의 손금으로 인정되어야 한다.

 

나. 처분청 의견
(1) 주위적 청구 : 청구법인이 증거자료로 제출한 중장기수출보험증권 및 보험약관(이하 “보험증권 등”이라 한다)은 법인세법시행규칙 제56조에서 규정하는 당사자간의 특별한 약정이 아니라 보험금의 지급을 보증하는 보험계약서와 보험자 간의 별도 보험계약에 해당하는 것으로 단수니 보험사고 발생시 지급하여야 하는 보험금의 지급범위만을 언급하는 보험증서에 불과한 것인 바, 이는 법인세법 시행규칙 제56조 및 민법 제479조에서 규정하는 변제충당순서와는 전혀 무관한 것이고, 단순 보험계약에 따라 보험금을 수령한 청구법인이 당사자간 특별한 약정없이 대출 회수금의 변제충당순서를 임의대로 정하여 원금부터 충당한 것에 불과하므로 처분청이 이를 부인하고 연체이자를 계산하고 먼저 충당하는 것으로 판단하여 과세한 당초 처분은 적법하다.

 

예비적청구 : 청구법인은 정상이자의 95% 및 장부상 채권잔액을 초과하는 금액 합계 USD OOO 만큼 수익으로 인식하였다고 주장하나, 이는 당초 금융감독원장의 승인을 받고 대손상각한 원금을 환원하는 회계처리에 불과하므로 청구법인의 주장은 이유없다.

 

(2) 청구법인이 증거자료로 제출한 신용보증기금약관 등은 보증기관의 보증채무 이행범위(보증금액 총액)를 말하는 것으로 법인세법 시행규칙 제56조에서 규정하는 당사자간의 특별한 약정에 따른 대출 회수금의 변제충당순서를 정하는 것은 아니다. 설령 청구법인의 주장대로 신용보증서 등이 특별한 약정에 해당한다고 할지라도 신용보증기관이 보증하는 보증금액을 계산하는 방법(지급보증예정금액에 보증비율을 곱한 금액)에 대한 언급만 있을 뿐 구체적인 이자, 원금의 충당순서에 대한 언급이 전혀 없으며, 신용보증약관 등에 의해서 신용보증기금 등이 청구법인에게 지급하는 보증금은 이자수익을 포함하고 있다고 할 것이고, 동 약관 등에 보증금 충당순서에 대한 구체적인 내용이 없으므로 법인세법 시행규칙 제56조 규정에 따라 이자부터 먼저 충당된 것으로 판단한 당초 처분은 적법하다.

 

(3) 청구법인은 은행여신거래기본약관 상 “은행은 채무자에게 불리하지 않은 범위 내에서 충당순서를 달리할 수 있다.”라는 규정에 근거를 두고 원금부터 충당한 것이 정당하다고 주장하나, 위 조항은 특별한 약정을 변경할 수 있는 여지를 두고 있는 것에 불과한 것이지 이 조항으로 인하여 특별한 약정을 변경한 것으로 볼 수는 없다고 할 것이므로, 이자, 원금 순서로 충당하기로 한 당초 약정에 따라 법인세법 시행규칙 제56조 및 민법 제479조의 규정에 의거 이자부터 충당하여야 하므로 청구법인이 원금부터 충당하여 누락된 이자수입액을 익금산입한 당초 처분은 적법한 처분이다.

 

(4) 대손금은 결산상 장부에 계상한 후 비용처리하여야 할 결산조정사항인 바, 청구법인은 이러한 내역을 장부에 계상하지도 아니하고 대손상각하여야 한다고 주장하고 있어 받아들이기 어렵다.

 

3. 심리 및 판단
가. 쟁 점
① 주위적 청구 : 수출보험약관에 따라 대위변제 받은 금액의 원금과 이자의 충당순서가 적정한지 여부
예비적 청구 : 장부상 채권잔액을 초과하는 금액 합계 USD OOO 만큼 수익으로 인식하였으므로 이중과세인지 여부

 

② 채무보증기관으로부터 대위변제 받은 금액의 원금과 이자의 충당순서가 적정한지 여부

 

③ 여신거래기본약관에 따라 충당한 원금과 이자의 충당순서가 적정한지 여부

 

④ 금융감독원이 대손으로 인정한 OOO원을 다시 손금으로 인정하여야 하는지 여부

 

나. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점① 주위적 청구에 대하여 본다

 

(가) 청구법인은 청구법인의 보험금 회수액은 당사자간 특별한 약정에 해당하는 보험약관에 따른 보상범위에 따라 연체원리금의 95%인 원금 USD OOO와 이자 USD OOO을 회수한 것이고, 이에 따라 원금 및 이자회수로 인한 세무상 소득을 정확하게 신고하였는바, 이자수익을 누락한 것으로 간주하여 법인세를 부과한 처분은 전액 취소되어야 한다고 주장하면서 이에 대한 증빙으로 중장기수출보험증권 및 보험약관 등을 제출하고 있다.

 

(나) 청구법인이 OOO공사로부터 대위금을 변제받은 경위 및 처분청의 처분내역은 다음과 같다.

 

1) 주식회사 OO(이하 “OO”라 한다)는 아제르바이잔 공화국이 OOOO 지역의 통신망 현대화를 위하여 추진하는 국책사업을 수주하면서, 1998.2.16. 나이체반통신공사에게 전가교환기와 그 부대장비를 수출하기로 하는 계약을 체결하였고, OO는 위 수출에 대한 대가로 나이체반통신공사로부터 전체 대금의 15%를 선수금으로 수령하였고, 나머지 85%에 대해서는 원금 USD OOOO 및 이자 USD OOOO의 연불어음을 수령하였으며 이는 1999년부터 2003년의 기간 동안 9회에 걸쳐서 상환하기로 하였다.

 

2) 청구법인은 위 연불원리금의 95%를 OOO공사가 부보하는 조건으로 OO에게 대출원금 USD OOOO, 이자율 5.18%의 연불금융을 1999.6.24. 집행하였고, 이를 위해 OO는 1999.6.23. OOO공사와 본건 연불채권의 95%에 해당하는 연불금융 금액을 보증하고 청구법인을 보험금 수취인으로 하는 중장기 수출보험계약을 체결하였다.

 

3) 외환위기로 인해 어려움을 겪던 OO는 구조조정계획을 발표(1999.7.19.)한 직후, 1999.7.28. 청구법인은 대우로부터 나이체반통신공사가 발행한 연불어음을 매입하고 그 매입대금을 기존의 OO에 대한 연불금융 대출채권과 상계하는 계약을 체결하였으며, 이와함께 동 연불어음의 배서를 통해 청구법인은 나이체반통신공사가 발행한 연불어음의 권리자가 되었으나, 나히체반통신공사는 제3차분까지의 원리금은 상환을 완료하였으나 제4차 연불채무 원리금 중 일부인 USD OOO를 포함하여 제5차부터 제9차까지 연불채무 원리금 전액을 결제기일까지 지급하지 아니하였으며, 대우는 보험약관에 따라 각 회차별 보험사고의 발생을 OOO공사에 통지하였고 이를 근거로 청구법인은 어음상 권리자이자 보험금수취인의 자격으로 본건 연불어음채권 중 회수되지 아니한 원리금의 95%를 수출보험공사에 청구하였다.

 

4) OOO공사는 OO의 과실책임을 주장하며 보험금을 지급하지 아니하다가 청구법인이 2005.3.18. 서울중앙지방법원에 소송을 제기하였고, 2005.11.16. 전부승소(원금 및 이자뿐만 아니라 지연지급한 보험금에 상사채권이자율을 적용하여 계산한 연제이자 포함하여 보험금을 지급하라고 판결)한 후 2006.8.23. 서울고등법원에서 재판상 화해(연체이자는 포기하고 나머지만 보험금으로 수령할 것을 합의)하여 보험계약에서 정한 바대로 연체된 원리금의 95%를 2007.7.10.부터 수령하기 시작하여 2009.9.10.까지 전액 수령하였다.

 

5) 청구법인은 회수한 USD OOO(보험금의 보상범위에 따라 연체원리금의 95%인 원금 USD OOO와 이자 USD OOO)을 회수하여 각각 원금 및 이자로 회계처리한 사실, 처분청은 청구법인이 미회수한 정상이자 및 결제기일로부터 보험금회수일까지 발생한 연체이자 등의 이자수익을 누락한 것으로 보아 OOO원 상당액을 익금에 산입한 사실 등이 심리자료에 나타난다.

 

(다) 청구법인이 당사자간 특별한 약정에 해당한다고 주장하는 위 보험증권 등은 나히체반통신공사가 연불어음상 원리금 지급을 이행하지 아니하자, 상기 손실액의 95%에 해당하는 보험금에 대하여 보험계약자인 주식회사 OO를 대리하여 보험금 수취인인 청구법인이 보험금 지급을 청구한 것이며, 이에 대해서 수출보험공사가 지급사유가 없음을 이유로 거절하자 소송을 통하여 보험금을 지급받았는 바, OOO지방법원은 보험금의 지급범위를 약관상의 보험금과 지연배상금에 상응하는 연체이자까지 지급하라고 판결한 사실이 심리자료에 나타난다.

 

(라) 이상의 사실관계 등을 종합하여 볼 때, 청구법인이 증거자료로 제출한 중장기수출보험증권 및 보험약관은 법인세법 시행규칙 제56조에서 규정하는 당사자간(채권자 : OOO은행, 채무자 : 주식회사 OO) 특별한 약정이 아니라 보험계약자(주식회사 OO)와 보험자(OOO공사)간에 보험금의 지급을 보증하는 별도의 보험계약에 해당하는 것으로 보이는 점, 중장기수출보험증권 및 보험약관은 단순히 보험사고 발생시 지급하여야 하는 보험금의 지급범위만을 언급하는 보험증서에 불과한 것으로 법인세법 시행규칙 제56조 및 민법 제479조에서 규정하는 변제충당순서와는 관련인 없는 것으로 보이는 점 등을 고려할 때 처분청이 정상이자 USD OOOrhk 미수원리금에 대한 12% 연체이자 USD OOO의 원화상당액 OOO원을 익금산입한 처분은 정당한 것으로 판단된다.

 

(2) 쟁점① 예비적 청구에 대하여 본다.

 

(가) 청구법인은 장부상 채권액과 보험금회수액과의 차이 USD OOOfmf 상각채권추심이익(회계상으로는 “(차)현금 / (대)대손충당금”로 처리)으로 처리하였는데, 처분청은 이자회수액 및 원금회수액 중 장부상금액을 초과하는 USD OOO을 모두 수익으로 인식하여 이중으로 과세하였다고 주장하고 있다.

 

(나) 청구법인 주장대로라면 수령한 금액이 아닌 장부상 채권금액대로 과세하여야 한다는 주장이어서 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다.

 

(3) 쟁점②에 대하여 본다.

 

(가) 청구법인은 채무자가 보증기관으로부터 신용보증서를 발급받아 대출기관에 제공하고 대출기관은 이를 확인한 후 대출을 실행하게 되므로 당사자인 대출기관, 채무자, 보증기관 모두 보증약관을 따르기로 합의한 것으로 보아야 하며, 신용보증서에 첨부된 보증약관에는 보증채무의 이행범위인 원금과 이자의 대위변제 범위가 명시되어 있고 이에 따라 보증채무가 이행되고 있으므로, 이러한 약관의 규정을 원금과 이자의 충당순서에 관한 특별한 약정으로 보아야 할 것이고, 따라서 약관 등에 따른 대위변제 내역을 무시하고 근거없이 이자수익이 누락된 것으로 간주하여 과세한 금액은 전액 취소되어야 한다고 주장하면서 신용보증기금 약관 및 보증서, OOO공사 보증서, 2003.9.19. OOO 회사정리계획안 등을 증거자료로 제출하고 있다.

 

(나) 청구법인은 보증부대출금에 대한 채권담보를 위하여 신용보증기금, 기술신용보증기금 및 OOO공사 또는 OOO주식회사(채무자인 충남OOO의 모기업) 등 (이하 “보증기관”이라고 한다)의 원리금 보증을 대출 실행의 조건으로 하고 있으며, 대출이 실행된 뒤에 차주로부터 변제가 이루어지지 않는 경우, 청구법인은 이들 보증기관으로부터 보증변제를 받아 원금 및 이자에 충당한 사실과 처분청은 청구법인이 보증기관으로부터 대위변제받은 대출 건에 대해서 미상환된 대출금 잔액에 대한 정상이자 및 연체이자(지연배상금)를 계산하여 대출원금보다 이자가 우선 충당되어야 하는 것으로 보아 아래 <표>와 같이 익금산입한 사실이 심리자료에 나타난다.

 

(다) OOO공사 보증서, 신용보증기금약관 등은 채무자가 청구법인으로부터 대출시 필요서류인 신용보증서

를 보증기관으로부터 발급받기 위하여 채무자와 보증기관이 체결한 약관이며 신용보증서는 채무자가 보증기관에 보증수수료를 지급하고 청구법인을 보증금수령자로 하고 최최 대출 실행시 청구법인에게 제출되는 서류인 바, 청구법인은 약정체결자가 아니라 보증금액의 수취인에 불과하므로 법인세법에서 규정하는 양 당사자(채권자와 채무자)에 해당하지 아니하고, 대출 회수금의 변제충당순서를 정하는 특별한 약정을 한 것이 아니라 보증기관의 보증범위를 언급한 것에 불과한 것으로 보인다.

 

(라) 따라서, 신용보증기금약관 등은 보증기관의 보증채무 이행범위(보증금액 총액)를 말하는 것으로 법인세법 시행규칙 제56조에서 규정하는 당사자간의 특별한 약정에 따른 대출 회수금의 변제충당순서를 정하는 것이 아닌 것으로 보이므로 이자수익부터 충당한 처분청의 처분은 정당한 것으로 판단된다.

 

(마) 한편, 청구법인은 OOO주식회사의 보증채무 이행금액 OOO원은 법원이 인가한 회사정리절차에 따라 청구법인이 원금을 상환받은 것으로서 청구법인이 임의로 충당순서를 정한 것이 아니라고 주장하고 있다.

 

(바) 처분청은 OOO주식히사는 충남OOO(베트남 현지법인)의 보증인에 불과한 바, 주채무자인 충남OOO가 파산 등의 사유로 채무불이행시 보증인이 대위변제를 하여야 하는 측면이 있으나, 당시 충남OOO(주채무자)는 베트남 현지 부동산 등의 처분을 통하여 차입한 차입금의 상환이 가능함에도 모기업인 OOO주식회사가 회사정리절차계획에 따라 보증채무 중 원금상환을 할 필요가 없어 OOO원을 충남OOO가 변제한 대출 회수금으로 보아 법인세법 규정에 따라 대출 회수금의 변제충당순서에 의하여 이자수익부터 먼저 충당하였다는 의견이다.

 

(사) 그러나 2003.9.19. OOO 회사정리계획안에 따라면 “원금 중 보증채무가 2006년까지 확정되지 아니하는 경우 2006년말(제4차연도) 잔여채무를 기준으로 원금의 30%는 2006년도말부터 7번에 걸쳐 현금으로 변제하고 이자는 전액 면제한다”는 내용이 심리자료에 나타난다.

 

(아) 처분청은 당시 충남OOO(주채무자)는 베트남 현지 부동산 등의 처분을 통하여 차입금의 상환이 가능하다는 의견이나 이와 관련한 입증자료는 제시하지 아니하고 있다.

 

(자) 그렇다면, OOO주식회사가 채무를 이행한 OOO원을 청구법인에게 지급한 것은 OOO지방법원이 인가한 회사정리절차에 따라 청구법인에게 원금을 상환한 것으로 보여지는 바, 처분청이 동 금액을 이자수익으로 소득금액을 조정한 후 익금에 산입한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

 

(4) 쟁점③에 대하여 본다.

 

(가) 청구법인은 정리대상여신에 대해서 은행여신거래기본약관의 규정에 따라 이자보다 원금에 먼저 충당하였는바, 국세청 유권해석에서는 이러한 경우 특별한 약정이 있는 것으로 인정하고 있고 대법원판례에서도 이러한 충당은 유효한 것으로 인정되었는바, 특별한 약정에 따른 변제충당이므로 세무상 인정되어야 한다고 주장하면서 은행여신거래기본약관 등을 증거자료로 제출하고 있다.

 

(나) 처분청의 법인세 과세표준 결정결의서 등 과세심리자료에 의하면, 청구법인은 2006사업연도∼2009사업연도 기간 중 대출금의 일부를 회수한 경우 충당순서를 이자, 원금순이 아닌 원금, 이자순으로 변경함으로써 처분청은 수입이자 계상 누락으로 보아 OOO원을 익금산입한 사실이 심리자료에 나타난다.

 

(다) 은행여신거래 기본약관(공정거래위원회 표준약관 제10006호) 제13조 제1항에는 “채무자가 기한의 이익을 상실한 채무를 변제하거나, 은행이 제10조에 의한 상계를 할 경우에, 채무전액을 없애기에 부족한 때에는 비용, 이자, 원금의 순서로 충당하기로 합니다. 그러나, 은행은 채무자가 불리하지 않은 범위내에서 충당순서를 달리할 수 있습니다”라고 규정되어 있는 사실과 금융감독원의 은행업감독규정 제86조 및 은행업 감독업무시행세칙 제60조에 의하면, 금융기관이 약관을 제정 또는 변경하고자 하는 경우에는 관련서류를 시행예정일부터 10영업일전까지 감독원장에게 제출하여 심사하도록 되어 있는 사실이 심리자료에 나타난다.

 

(라) 청구법인의 내규인 여신관리규정 제6조에 의하면 정리대상여신인 경우 가지급금(비용), 원금, 이자, 지연배상금의 순서에 따라 정리한다고 규정되어 있고, 금융감독원의 은행여신 검사업무편람에는 여신회수편 [채권의 변제충당순서]에서 일반적으로 채무관계인의 자진변제시 가지급금, 미수이자, 원금의 순으로, 법적절차에 의한 배당금은 가지급금, 원금, 미수이자의 순으로 변제충당함을 원칙으로 하는 것으로 나타난다.

 

(마) 살피건대, 감독기관인 금융감독원도 은행여신 검사업무편람을 통해 법적절차에 의한 배당금 등은 원금부터 충당하도록 명시적으로 규정하고 있는 점, 과세관청에서도 금융업을 영위하는 내국법인이 대출채권과 그 이자채권의 일부만을 회수하는 경우 그 충당의 순서는 법인세법 시행규칙 제56조 규정에 따르는 것으로, 당해 법인이 불특정 다수의 채무자와 모든 여신거래에 적용되는 여신거래기본약관에 의하여 동 법인의 내부규정으로 정한 순서와 방법에 따라 대출채권 및 이자채권을 충당한 경우에는 같은 조에 규정한 “특별한 약정”이 있는 것으로 보는 것(국세청 법인세과-877, 2009.7.31.)으로 해석하고 있는 점 등을 감안할 때, 청구법인이 대출금의 일부를 변제받은 경우 원금, 이자순으로 충당함은 세법상 적법하다 할 것이고, 처분청이 특별한 약정이 없는 것으로 보아 이자, 원금순으로 충당하지 아니한데에 대하여 수입이자 계상누락으로 익금산입하여 법인세 등을 과세한 처분은 타당하지 아니한 것으로 판단된다(조심 2010서1064, 2011.1.7. 참조).

 

(5) 쟁점④는 위에서 살펴본 바와 같이 쟁점 중 일부가 인용되었으므로 심리의 실익이 없어 심리를 생략한다.

 

4. 결 론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

 

[4] 법인-636, 2012.10.19
【제목】
한국채택국제회계기준을 적용하는 은행이 은행업감독규정에 따른 자산건전성 분류대상자산으로서 기업회계기준에 의한 대손충당금 설정대상이 되는 채권에 대해 대손충당금을 손금으로 계상할 수 있는 것임

 

【질의】
(사실관계)
o 기존에 적용하던 기업회계기준(“K-GAAP”)은 은행의 자산을 현금 및 예치금, 유가증권, 대출채권, 유형자산, 기타자산으로 구분하고


  은행업감독규정에 따라 대출채권 등에 대하여 자산건전성 분류별로 대손충당금을 적립하도록 하였음.
  이에 따라 한국은행 지준예치금 및 타은행 예치금 등 타금융기관 등에 예치한 예치금은 ‘현금 및 예치금’으로 분류하여 대손충당금을 설정하지 않았음.

 

o 2011년부터 적용하는 한국채택국제회계기준(“K-IFRS")제1039호(문단 45)에서 금융자산은 (1) 당기손익인식금융자산, (2) 만기보유금융자산, (3) 대여금 및 수취채권, (4) 매도가능금융자산으로 분류하며
  종전의 현금 및 예치금은 구체적으로 현금, 외국통화, 예치금 등인데, K-IFRS 제1032호 문단11에 따라 현금 및 예치금은 금융자산에 해당하여 K-IFRS 제1039호 문단9에 따라 (3)대여금 및 수취채권으로 분류됨.

 

o K-IFRS 제1039호 문단63에 따르면 대여금 및 수취채권에서 손상이 발생하였다는 객관적 증거가 있는 경우 손상차손을 장부금액에서 직접 차감하거나 충당금계정을 사용하여 차감하도록 되어 있음.
  K-IFRS 전환으로 예치금 분류가 ‘현금 및 예치금’에서 ‘대여금 및 수취채권’으로 변경되었고 동 예치금 자산이 회계상 대손충당금 설정대상 채권에 포함되어
  예치금에서 손상이 발생하였다는 객관적인 증거가 있는 경우에는 대손충당금을 설정할 수 있음.

 

(질의요지)

o 종전의 기업회계기준에 따라 대손충당금 설정대상이 아니던 ‘현금 및 예치금’이 K-IFRS 도입으로 ‘대여금 및 수취채권’으로 분류되어 대손충당금 설정이 가능한 경우 법인세법상 설정대상 채권인지 여부

 

【회신】
한국채택국제회계기준(K-IFRS)을 적용하는 내국법인(「은행법」에 의한 인가를 받아 설립된 은행)이 각 사업연도에 대손충당금을 설정함에 있어, 「은행업감독규정」에 따른 자산건전성 분류대상자산으로서 기업회계기준에 의한 대손충당금 설정대상이 되는 채권(이하 “해당채권”)의 대손에 충당하기 위하여 대손충당금을 손금으로 계상한 경우에는 「법인세법 시행령」 제61조 제2항 단서 규정에 따라 계산한 금액의 범위에서 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입하는 것임.

다만, 해당채권이 「은행업감독규정」에 따른 자산건전성 분류대상 자산인지는 사실판단할 사항임.(법규과-1186, 2012.10.12.)

 

[5] 원천-505, 2012.09.26
【제목】

국가재정법에 따른 방송통신발전기금에 귀속되는 이자소득을 지급하는 자는 「법인세법」 제73조 및 같은 법 시행령 제111조 제1항 제1호에 따라 원천징수하지 아니하는 것임

 

【질의】(사실관계)o ○○위원회는 ‘언론중재 및 피해구제 등에 관한 법률’에 따라 설립된 준사법 법정기구로, 방송통신발전기본법에 따라 방송통신위원회가 조성ㆍ관리하고 있는 방송통신발전기금에서 운영재원을 전액 지원받고 있음.

 

<언론중재 및 피해구제 등에 관한 법률>


제12조(중재위원회의 운영재원) 중재위원회의 운영 재원은 「방송통신발전 기본법」 제24조에 따른 방송통신발전기금으로 하되, 국가는 예산의 범위에서 중재위원회에 보조금을 지급할 수 있다. 

 

o 위원회는 방송통신발전기금에서 매월 운영재원을 지원받고 있으며, 방송통신발전기금 이외의 수익 활동을 하거나 방송통신발전기금 이외의 다른 재원을 지원받고 있지 않음.

 

o 또한, 회계연도 종료 시에는 예산 잔액과 금융기관 예치금에서 발생한 금융이자 전액을 반납하고 있는데, 지금까지는 이자소득에 대해 원천징수가 이루어졌음.
  「국가재정법」의 적용을 받는 기금에 해당하는 방송통신발전기금에 귀속되는 이자소득이 ○○위원회의 계좌에서 발생하는 경우 원천징수대상에 해당하는지 여부가 불분명함.

 

(질의요지)
o 금융회사가 ○○위원회의 방송통신발전기금에 귀속되는 이자소득을 지급하는 경우 원천징수 여부
〈제1안〉 국가에 귀속되는 이자소득이므로 「법인세법」 제2조 제3항에 따라 원천징수대상에서 제외함.
〈제2안〉 ○○위원회에 지급되는 소득이므로 「법인세법」 제73조 제1항에 따라 법인세를 원천징수함.

 

【회신】
귀 질의의 경우, 기존의 질의회신사례(원천-134, 2010.2.10.)를 참고하기 바람.

 

◈ 원천-134, 2010.2.10.
귀 질의의 경우, 국민연금관리공단이 「국민연금법」에 따라 설치된 국민연금기금을 보건복지가족부장관으로부터 위탁받아 관리ㆍ운용하는 경우, 동 기금에 귀속되는 이자소득에 대하여는 「법인세법」 제73조 및 같은 법 시행령 제111조 제1항 제1호에 따라 법인세를 원천징수하지 아니하는 것임.

 

[6] 법인-556, 2012.09.13
【제목】

한국채택국제회계기준을 적용하는 내국법인이 금융상품 중 주계약과 내재파생상품이 복합된 상품에 대해 주계약과 내재파생상품을 분리하여 회계처리하는 경우에도 세무상으로는 복합상품을 하나의 금융상품으로 보는 것임

 

【질의】
(사실관계 및 질의요지)
① 금융상품에서 내재파생상품이란 파생상품이 아닌 주계약을 포함하는 복합상품(ex> 전환사채, 수의상환채권 등)의 구성요소를 말하는 것으로,
  종전 K-GAAP에서는 복합상품을 회계처리 할 때 내재파생상품을 주계약과 분리하여 별도로 인식하지 아니하였으나
  K-IFRS 채택에 따라 회사가 주계약으로부터 내재파생상품을 분리하여 회계처리하고 이러한 회계처리를 외부감사인으로부터 인정받는 경우, 법인세법에서도 이를 인정할 수 있는지?

 

② 법인세법상 내재파생상품의 분리회계를 인정하는 경우, 복합상품 중 내재파생상품의 취득가액은.

 

 ○ 관련용어


ㆍ금융상품: 거래당사자 일방에게 금융자산을 발생시키고 동시에 다른 거래상대방에게 금융부채나 지분상품을 발생시키는 모든 계약

 

ㆍ파생상품: 국공채, 통화, 주식 등 기초자산의 가격이나 자산가치 지수 변동에 의해 그 가치가 결정되는 금융계약(ex>스왑, 옵션, 선물, 선도 등)

 

ㆍ복합상품: 주계약(금융상품이나 비금융계약)과 이에 내재된 파생상품의 조합

 

ㆍ내재파생상품: 파생상품이 아닌 주계약을 포함하는 복합상품의 구성요소를 말하며, 복합금융상품에 부가되어 있더라도 계약상 당해 금융상품과는 독립적으로 양도할 수 있는 경우에는 내재파생상품이 아니며 별도의 금융상품에 해당

 

【회신】
한국채택국제회계기준(K-IFRS)을 적용하는 내국법인이 금융상품 중 주계약과 내재파생상품이 복합된 상품(이하 “복합상품”)에 대해 주계약과 내재파생상품을 분리하여 회계처리하는 경우에도 세무상으로는 복합상품을 하나의 금융상품으로 보는 것임.(법규과-964, 2012.8.24)


[7] 법인-553, 2012.09.13
【제목】

은행이 신용보증기관과 업무협약을 체결하여 보증료지원금을 신용보증기관에 납부한 경우 그 지원금은 그 납부일이 속하는 사업연도에 손금으로 산입하는 것임

 

【질의】
(사실관계 및 질의요지)
o 국내은행들은 신용보증기관과 업무협약을 체결하여
  정례적인 일반출연금*에 더하여 특별출연과 보증료지원금을 납부함.

 

o보증료지원은 개별은행이 거래하는 중소기업에 대한 대출시,
  중소기업이 0.5% 고정보증료율에 따라 보증료를 부담하고
  잔여보증료는 개별은행이 신용보증기관에 미리 납부한 보증료지원금에서 차감되고
  매분기말 정산하여 다음달 10일까지 협약은행에 통지함.

 

o 협약에 따른 지원은 보증료지원금이 소진될 때까지 이루어짐.
* 위 협약내용 및 지원취지에 비추어 중도해지는 사실상 불가능

 

o 업무협약에 따라 은행이 신용보증기관에 지출하는 보증지원금의 손금 귀속시기

 

【회신】
은행업을 영위하는 내국법인이 미래성장 가능성이 높은 신성장동력 중소기업을 적극 지원하기 위하여 신용보증기관과 「특별출연 및 보증료 지원을 통한 신성장동력 중소기업 금융지원 업무협약」을 체결하여 보증료지원금을 신용보증기관에 납부한 경우

 

해당 지원금은 그 납부일이 속하는 사업연도에 손금으로 산입하는 것이며, 해당 협약의 해지 사유가 발생하여 미지급된 보증료지원금 상당액을 반환받는 경우에는 그 반환일이 속하는 사업연도에 익금으로 산입하는 것임.(법규과-956, 2012.8.24.)

 

[8] 국제세원-368, 2012.08.14
【제목】

외국납부세액공제 한도액을 계산함에 있어 공제대상 국외원천소득은 국외원천 총수입금액에서 관련 직ㆍ간접경비를 차감하여 계산하는 것임

 

【질의】
(사실관계)
o 은행업을 영위하고 있는 당 지점은 역외금융거래를 통해 해외에서 자금을 조달하여 해외 비거주자에게 대출함으로써 국외지급이자 및 수입이자가 발생하고 있음.

 

o 역외(Off-shore)대출 수입이자와 관련하여 외국납부세액이 발생하고 있음.

 

o 역외금융거래에서 발생한 수입이자와 지급이자는 각각 재무제표상 이자수익과 이자비용으로 계상하고 있음.

 

(질의요지)
o 외국납부세액 공제한도 계산시 “국외원천소득”을 계산함에 있어서 수입이자만을 대상으로 하는지, 수입이자에서 지급이자를 차감한 금액을 대상으로 하는지.

 

【회신】
국내에서 금융업을 영위하는 외국법인이 국외원천소득에 대한 외국납부세액공제 한도액을 계산함에 있어 공제대상 국외원천소득은 국외원천 총수입금액에서 관련 직ㆍ간접경비를 차감하여 계산하는 것임.

 

[9] 재법인-257, 2012.04.03
【제목】

「여신전문금융업법」에 따른 여신전문금융회사가 판매사원과 체결한 업무위임약정에 따라 리스계약과 관련된 알선용역을 제공받고 판매사원에게 지급하는 리스알선수수료는 「법인세법 시행령」 제69조에 따른 손금의 귀속사업연도에 손금으로 산입하는 것임

 

【질의】
(사실관계)
□ 질의자는 여신전문금융업법에 따라 자동차를 주된 시설대여(이하 ‘리스’라 함)하는 여신전문금융회사로서
o 자동차 판매회사에 고용된 영업사원 또는 독립된 에이전트(이하 ‘판매사원’이라 함)와의 업무위임약정*에 따라 리스이용자를 소개받아 리스계약을 체결
* 리스계약의 알선, 리스신청사실의 진정성 및 리스이용자ㆍ연대보증인의 자서 확인, 리스구비서류 확인 등

 

o 질의자는 판매사원의 알선에 의해 리스계약이 체결되면 판매사원에게 자동차 리스료의 일정률을 “리스알선수수료”(기업회계기준상 ‘리스개설직접원가’)로 지급

 

(쟁점사항)
 

Tax image 

(질의개요)
o 리스알선수수료의 손금귀속시기가 1)리스알선수수료를 지급하는 사업연도인지 또는 2) 리스기간동안인지 여부

 

【회신】
「여신전문금융업법」에 따른 여신전문금융회사가 판매사원과 체결한 업무위임약정에 따라 리스계약과 관련된 알선용역을 제공받고 판매사원에게 지급하는 리스알선수수료는 「법인세법 시행령」 제69조에 따른 손금의 귀속사업연도에 손금으로 산입하는 것임.

 

【해설】
▣ 법인세법령상의 손익귀속시기
o 손익의 귀속사업연도(법인세법 §40)
  익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도

 

o 용역제공 등에 의한 손익의 귀속사업연도(법인령 §69)
  (원칙) 진행기준
  (예외) 용역제공완료일(진행기준 적용불가, 중소기업의 단기용역 등)

 

o 기타 손익의 귀속사업연도(법인영 §71⑤, 법인규칙 §36)
  법인세법ㆍ시행령, 조특법에서 규정한 것 외의 손익의 귀속사업연도는 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도

 

o 리스료의 귀속사업연도(법인규칙 §35)
  기업회계기준으로 정하는 바에 따름.

 

▣ 리스개설직접원가관련 회계처리기준 변경 연혁

구 분 리스회계처리준칙(~’05.12.31.)  기업회계기준서제19호‘리스’(~’10.12.31.)  현행(’11.1.1.~)
      일반기업회계기준    K-IFRS
금융리스 별도규정없음
(실무상 당기비용)
금융리스채권으로 인식
(리스기간동안 이자수익 감소) 
 (좌 동)  (좌 동)
운용리스  (상 동)  별도의 자산으로 인식
(리스기간동안 비용 처리) 
 (좌 동) 

운용리스자산에 추가
(리스기간동안 비용 처리) 

 

 

2. 소득세법

 

[1] 서면법규-68, 2013.01.24
【제목】

2013.1.1. 이후 장기주택마련저축의 만기연장이나 납입한도 변경시 계약변경분에 대해서 비과세를 적용하지 않음. 2012.12.31. 이전 가입한 장기주택마련저축에서 발생하는 이자ㆍ배당소득에 대하여 2013.1.1. 이후에도 만기까지 비과세 됨

 

【질의】
(사실관계)
o A증권사는 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 투자매매ㆍ중개업을 경영하는 법인으로 「조세특례제한법」 제87조에 따른 장기주택마련저축(펀드)을 판매하고 있으며
  「조세특례제한법」 제87조에 따라 배당소득에 대한 비과세를 적용하여 원천징수하고 있음.

 

o 장기주택마련저축(펀드)은 가입 시 계약기간을 정하지만
  현행 「조세특례제한법」에는 계약기간 연장에 대한 제약은 없으며 계약자의 요청으로 언제든지 계약기간의 연장이 가능함.

 

o 「조세특례제한법」 제87조 제1항에 따라 장기주택마련저축(펀드)은 2012.12.31.까지 가입한 경우에 한하여 비과세를 적용하는 것임.

 

(질의요지)

o 2013.1.1. 이후 장기주택마련저축(펀드)의 만기연장과 납입한도 변경 가능 여부

 

o 불입시기(2012.12.31. 이전 또는 2013.1.1. 이후)에 상관없이 2012.12.31. 이전에 가입한 장기주택마련저축에서 발생하는 이자ㆍ배당소득은 2013.1.1. 이후에도 만기까지 비과세되는지 여부

 

【회신】
2012.1.2012년 12월 31일까지 「조세특례제한법」 제87조에 따른 장기주택마련저축에 가입한 거주자가 2013년 1월 1일 이후 해당 장기주택마련저축의 계약기간을 연장하거나 납입한도를 상향 조정하는 계약변경을 체결하는 경우 해당 계약변경분에 대해서는 같은 조 제1항에 따른 조세특례를 적용하지 않는 것임.

 

2012년 12월 31일까지 가입한 「조세특례제한법」 제87조에 따른 장기주택마련저축에 대한 월납입액을 2013년 1월 1일 이후에 납입하는 경우에도 계약 만기일까지 발생한 이자소득과 배당소득에 대해서는 소득세를 부과하지 않는 것임.

 

[2] 소득-651, 2012.08.27
【제목】

해외모회사로부터 취득한 사원권이 해외모회사 소재지국의 관계법령에 의하여 해외모회사가 주식회사로 조직변경함에 따라 주식으로 전환된 경우, 해당 조직변경일의 주식의 시가와 유한회사 사원권 취득일의 시가와의 차액은 의제배당에 해당하는 것임

 

【질의】
(사실관계)
o M 유한회사(이하 “자회사”라 한다)는 미국 모법인 M LLC(이하 “모회사”라 한다)의 성과보상프로그램을 도입하여 시행하고 있음.
*해외모회사의 성과보상프로그램
자회사의 성장과 수익성에 공헌하도록 동기를 부여하고, 자회사의 용역을 수행한 자회사의 임직원에게 인센티브를 제공하기 위하여 모회사의 제한조건부 주식인수권(사원권)을 부여한 후 조건이 성취되면 해당 유한회사 사원권을 지급하는 제도임.

 

 

o 자회사 임직원은 모회사의 사원권(제한조건부 주식인수권)을 아래와 같이 부여받음.일자 유한회사 사원권 비 율
2009.12.8. ⓛ 13,860주 33%
2010.12.8. ② 14,280주 34%
2011.12.8. ③ 13,860주 33%

 

  자회사 임직원은 조건이 성취되어 받은 유한회사 사원권 ⓛ 13,860주 및 ② 14,280주의 시가 상당액을 각각 2009년 및 2010년 근로소득으로 이미 신고ㆍ납부함.
  모회사는 2011.3.10. 미국 델라웨어주법에 따라 주식회사(Corporation)로 조직변경을 마친 후 2011.3.11. 뉴욕증권거래소에 상장함.
  이에 따라 자회사 임직원은 조건이 충족되자 2011.12.8. 모회사의 상장주식 ③ 13,860주를 부여받아 시가 상당액을 근로소득으로 신고ㆍ납부함.

 

(질의요약)
o 유한회사(LLC)인 해외 모회사가 주식회사(Corporation)로 조직변경하는 경우, 유한회사인 해외모회사의 성과보상프로그램에 따라 조건이 성취되어 부여받은 사원권(제한조건부 주식인수권)을 보유하고 있는 국내 자회사 임직원에 대해서 의제배당으로 볼 수 있는지 여부

 

【회신】
귀 질의의 경우, 국내자회사 임직원이 유한회사인 해외모회사의 성과보상프로그램에 따라 조건이 성취되어 해외모회사로부터 취득한 사원권이 해외모회사 소재지국의 관계법령에 의하여 해외모회사가 주식회사로 조직변경함에 따라 주식으로 전환된 경우, 해당 조직변경일의 주식의 시가와 유한회사 사원권 취득일의 시가와의 차액은 「소득세법」 제17조 제1항 제3호에 따른 의제배당에 해당하는 것임.


3. 부가가치세법

 

[1] 법규부가2013-6, 2013.01.14
【제목】

금전대부업자가 대출금 채권과 상계하는 조건으로 취득한 부동산을 부동산 임대업 등 부가가치세가 과세되는 사업에 사용하지 아니하고 보유하다 양도하는 경우 부가가치세가 면제되는 것임

 

【질의】
(사실관계)
o (주)서울(이하 “신청인”이라 함)은 도서출판업을 영위하는 법인으로(이하 “신청인”이라 함) 
  200×.×.7.∼200×.×.24.까지 대부업(대부업 등의 등록 및 금융이용자보호에 관한 법률 제3조에 따라 서울시에 등록)을 겸업함.

 

o 대부업을 영위 시 대출 받은 건설업체가 상가를 신축하였으나 분양이 되지 않아 건설업체로부터 대출원리금과 상계하는 조건으로 상가 여러 채를 대물변제 받음.
  대부업에 부수하여 취득한 재화로 건물분 부가가치세는 환급받지 않고 건물취득가액에 산입함.

 

o 부동산 경기불황으로 장기간 상가가 팔리지 않고, 자금사정도 여의치 않아 대부업을 폐업(등록증을 서울시에 반납)함.
  상가는 임대하지 않고, 신축 상태로 보유하다가 20××.×.18. 매매계약을 체결함.

 

(질의내용)
o 대부업자가 채무자의 채무불이행으로 대물변제 받은 상가를 양도하는 경우 부가가치세가 면제되는지 여부

 

【회신】
금전대부업자가 대출금 채권과 상계하는 조건으로 취득한 부동산을 부동산 임대업 등 부가가치세가 과세되는 사업에 사용하지 아니하고 보유하다 양도하는 경우 부가가치세법 제12조 제1항 제11호와 같은 법 시행령 제33조 제1항 제18호 및 같은 법 제12제3항에 따라 부가가치세가 면제되는 것임.

 

[2] 법규부가2012-447, 2012.11.28
【제목】

여신전문금융업자가 상호저축은행과 체결한 위/수탁약정에 따라 대출상품 취급과 관련하여 금융회사의 업무위탁 등에 관한 규정 제3조 제1항 각호에 해당하는 사항을 제외한 업무를 상호저축은행에게 제공하고 받는 업무위탁수수료는 부가가치세가 면제되는 것임

 

【질의】
(사실관계)
o □□캐피탈(주)(이하 “신청법인”이라 함)는 「여신전문금융법」 제3조에 따라 금융위원회에 등록된 여신전문금융회사로 할부금융업, 시설대여업 등을 영위하고 있음.
 「부가가치세법 시행령」 제33조 제1항 제11호의 금융ㆍ보험용역을 제공하는 여신전문금융회사로 그룹 소속 상호저축은행과 「오토론 업무 위/수탁 약정서」를 체결하고 위탁업무수행에 대한 대가로 수수료를 받고 있음.

 

o 상호저축은행은 「상호저축은행법」 제6조에 따라 금융위원회로부터 인가를 받고 「부가가치세법 시행령」 제33조 제1항 제8호의 금융ㆍ보험용역을 제공하고 있음.

 

o 신청법인은 상호저축은행의 대출상품판매와 관련하여 금융위원회가 고시하는 「금융기관의 업무위탁 등에 관한 규정」 제3조 제1항에 따라 금융업의 본질적 요소인 대출심사, 대출승인, 대출실행의 업무를 제외한 업무를 수행함.오토론 업무 위/수탁 약정서

 

갑 : (주)●●저축은행, 을 : □□캐피탈(주)

제1조(용어의 정의 및 계약의 목적)
1. ‘오토론’이란 자동차 또는 건설기계의 구입대금 또는 소유중인 자동차 또는 건설기계를 담보로 제공하여 일정금액을 금융회사로부터 융자를 받은 후 그 대출금을 금융회사에 분할하여 상환하는 방식을 말한다.
2. ‘갑’의 대출상품 취급과 관련된 일부 사무업무를 ‘을’에게 위탁함에 있어 그 업무가 원활하고 건전하게 이루어 질 수 있도록 하며 ‘갑’과 ‘을’ 쌍방의 권리ㆍ의무 및 책임 등을 명확히 하고 거래의 투명서 제고 및 안정화를 도모하는 데 그 목적을 둔다.
3. 본 계약의 당사자는 ‘금융기관의 업무위탁 등에 관한 규정’을 준수하여야 한다.

제2조(업무의 위탁과 수탁)
1. ‘갑’이 ‘을’에게 대출상품 취급 관련 업무를 의뢰하는 경우 ‘을’은 이를 수락하기로 한다. 또한, ‘을’은 ‘갑’의 위탁 업무를 수행하기 위하여 ‘을’이 소유하고 있는 인력ㆍ자산 또는 설비를 투입하여 지원한다.
2. ‘을’의 수탁업무 범위는 다음 각 호와 같다.
(1) 제휴점 및 영업사원의 거래 적격 확인 및 거래 약정의 보조업무
(2) 제휴점 취급한도 관리
(3) ‘갑’이 취급하는 대출상품 홍보 및 알선
(4) 채무자의 물품 구입 사실 진정성 확인 및 대출관련 구비서류 징구ㆍ확인
(5) 대출신청 약정 내용 설명
(6) ‘채무관계자’(채무자 및 연대보증인을 포함한다) 본인 확인
(7) 대출관련 구비서류를 ‘갑’에게 전달
(8) 기타 본 업무 수행을 위하여 필요한 부수 업무

제11조(업무위탁수수료)
1. ‘갑’은 ‘을’의 수탁업무 수행과 관련하여 ‘갑’과 ‘을’이 합의한 업무위탁수수료 지급기준에 따라 ‘을’에게 업무위탁수수료를 지급하기로 한다.

 

(질의내용)
o 금융위원회에 등록된 여신전문금융회사가 금융위원회의 인가를 받은 상호저축은행의 대출상품판매와 관련하여 수탁업무를 제공하고 수수료를 받는 경우 부가가치세가 면제되는지 여부

 

【회신】
여신전문금융업자가 상호저축은행과 체결한 위/수탁약정에 따라 대출상품 취급과 관련하여 금융회사의 업무위탁 등에 관한 규정 제3조 제1항 각호에 해당하는 사항을 제외한 업무를 상호저축은행에게 제공하고 받는 업무위탁수수료는 부가가치세법 제12조 제1항 제11호와 같은 법 시행령 제33조 제1항 및 제4항에 따라 부가가치세가 면제되는 것임.


4. 조세특례제한법

 

[1] 조심2012중3069, 2012.12.31
【제목】
「조세특례제한법」상의 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제는 해당 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발을 위한 비용을 그 대상으로 규정하고 있는 바, 이는 해당 과세연도에 연구ㆍ인력개발에 직접적으로 투입된 노무의 대가로서 지급되는 일반적인 급여 등에 대해 적용하는 것이 타당하고, 퇴직금의 경우와 같이 장기간의 근속기간을 고려하여 일시에 지급하는 성격의 비용으로서 근로계약이 종료되는 때에야 비로소 그 지급의무가 발생하는 후불적 임금은 연구개발에 직접적으로 투입되었다고 보기 어려운 점 등으로 보아, 청구법인이 경정청구한 퇴직급여는「조세특례제한법」의 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상이 되는 인건비의 범위에 포함된다고 보기는 어려움

 

【주문】
심판청구를 기각한다.

 

【이유】
1. 처분개요

가. 청구법인은 2010년ㆍ2011년 법인세 신고시 연구인력개발비 세액공제를 적용함에 있어「조세특례제한법 시행령」별표6의 ‘인건비’에는 퇴직급여충당금전입액을 포함하지 아니한다는 취지의「조세특례제한법」기본통칙 9-8...1에 의거 이를 세액공제대상 인건비에서 제외하여 신고하였다가 대법원 2011두6844(2011.6.24. 선고)를 근거로 2012.5.3. 처분청에 연구전담부서 연구원의 인건비 중 퇴직급여 해당액을 세액공제 대상에 포함하여 경정청구를 하였다.

 

나. 처분청은 청구법인의 경정청구에 대하여「조세특례제한법」 제10조의 연구인력개발비에 대한 세액공제대상 인건비에 퇴직급여 해당액은 포함되지 아니한 것으로 보아 2012.5.31. 경정청구를 거부하였다.

 

다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.6.25. 심판청구를 제기하였다.

 

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장
「조세특례제한법」 제10조의 연구인력개발비세액공제를 적용받는 연구비 등은 연구소 또는 전담부서에서 근무하는 직원으로서 기획재정부령으로 정하는 자의 인건비와 전담부서의 연구용 재료비 등을 대상으로 하고 있는 바, 대법2011두6844(2011.6.24. 선고)와 고법2010누25635(2011.2.10.)에서 인건비에 대하여 과세특례규정이 적용되는 연구원의 경우 퇴직급여충당금에 대하여도 동일하게 적용됨이 타당하다고 판시하고 있고,「조세특례제한법 시행령」별표6의 인건비에는 퇴직급여충당금전입액을 포함하지 아니한다는 취지로 규정하고 있다 하여 처분청이 과세근거로 삼은「조세특례제한법」기본통칙 9-8...1은 과세관청 내부의 세법의 해석기준 및 집행기준을 시달한 행정규칙에 불과하므로 이를 적용하여 과세한 처분은 부당하다.

 

나. 처분청 의견
청구법인은 퇴직급여액이「조세특례제한법」상의 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상 인건비에 해당한다고 주장하나,「법인세법」에서 손금으로 인정된다고 하여「조세특례제한법」에서도 당해 손금액을 세액공제 대상으로 볼 수 없는 것이며, 2012.2.2. 시행된「조세특례제한법 시행령」(대통령령 제23590호) 별표6 에서도 연구ㆍ인력개발비가 적용되는 인건비의 범위에 퇴직소득 및 퇴직급여충당금을 제외하도록 규정하고 있는 점과,「조세특례제한법」상의 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제는 해당 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발을 위한 비용을 그 대상으로 규정하고 있는 바, 이는 해당 과세연도에 연구ㆍ인력개발에 직접적으로 투입된 노무의 대가로서 지급되는 일반적인 급여 등에 대해 적용하는 것이 타당하고, 퇴직금의 경우와 같이 장기간의 근속기간을 고려하여 일시에 지급하는 성격의 비용으로서 근로계약이 종료되는 때에야 비로소 그 지급의무가 발생하는 후불적 임금은 연구개발에 직접적으로 투입되었다고 보기 어려운 점 등으로 보아, 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

 

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점
「조세특례제한법」의 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상이 되는 인건비의 범위에 과세특례규정이 적용되는 연구원의 퇴직급여충당금이 포함되는지 여부

 

나. 사실관계 및 판단
(1) 처분청 심리자료에 따르면, 청구법인의 2010년 및 2011년 법인세 당초 신고 및 경정청구 내역은 아래 <표1>과 같다.

 

(2) 청구법인은 그 명칭여하에 불구하고 사용인에게 근로에 대한 대가로서 유상으로 지출한 일체의 것을 ‘인건비’라고 할 것이므로 인건비에 대하여 과세특례규정이 적용되는 연구원의 경우 퇴직금을 당해 인원 또는 사용인의 재직기간 중의 각 기간에 사전 분배하여 매기마다 일정액을 비용으로 적립하여 지급하는 퇴직급여충당금에 대하여도 과세특례규정을 적용하는 것이 타당(대법2011두6844, 2011.6.24. 선고)하며, 처분청은「조세특례제한법」기본통칙 9-8...1을 들어「조세특례제한법 시행령」별표6의 ‘인건비’에는 퇴직급여충당금전입액을 포함하지 않는다는 주장이나, 기본통칙은 과세관청 내부의 세법해석기준 및 집행기준을 시달한 행정규칙으로 국민을 기속하는 법규가 아니고,「법인세법」 제33조는 내국법인이 각 사업연도에 임원 또는 사용인의 퇴직급여에 충당하기 위하여 기업회계상 퇴직급여충당금을 손금으로 계상한 경우 소득금액계산시 손금에 산입한다고 규정하고 있으므로 법인이 퇴직금을 당해 임원 또는 사용인의 재직기간 중의 각 기간에 사전 분배하여 일정액을 비용으로 적립한 퇴직급여충당금도 과세특례규정을 적용하여 아래 <표2>와 같이 경정되어야 한다고 주장한다.

 

(3) 이에 대하여 처분청은 퇴직시 퇴직금지급을 위하여 일정기간 동안 비용으로 충당되어 온 금액으로서 종업원의 근속연수가 장기화 될 수록 그 금액이 많아짐에 따라 비용의 기간부담(배분) 합리화를 위하여 각 회계기간에 충당금으로 설정하는 퇴직급여충당금을 인건비(급여, 근로소득) 성격의 비용으로 보기는 어려우며,「조세특례제한법 시행령」 제9조에서 연구 및 인력개발을 위한 비용을 별표 6에 정하면서 “인건비는 전담부서에서 근무하는 직원으로서 재정경제부령이 정하는 자의 인건비”로 규정하고 있고,

 

「조세특례제한법」에서 인건비에 대해 정의하고 있지 아니하나, 처분청이 과세근거로 제시한「조세특례제한법」기본통칙 9-8…1은 구「조세감면규제법」기본통칙 2-5-12…16을「조세특례제한법」신설시에도 유지한 것으로 1993.4.1. 신설된 이후 현재까지 동일하게 유지되어 온 것이어서 이미 납세자에게도 통일된 세법해석 기준으로 인식되었다고 보이며, 기본통칙에서 별표 6의 인건비의 정의를 “명칭여하에 불구하고 근로의 제공으로 인하여 지급하는 비용을 말하며,「소득세법」 제22조의 퇴직소득에 해당하는 금액 및 퇴직급여충당금전입액은 포함하지 아니한다” 라고 규정하고 있는 점으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다는 의견이다.

 

(4) 살피건대,「조세특례제한법」상의 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제는 해당 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발을 위한 비용을 그 대상으로 규정하고 있는 바, 이는 해당 과세연도에 연구ㆍ인력개발에 직접적으로 투입된 노무의 대가로서 지급되는 일반적인 급여 등에 대해 적용하는 것이 타당하고, 퇴직금의 경우와 같이 장기간의 근속기간을 고려하여 일시에 지급하는 성격의 비용으로서 근로계약이 종료되는 때에야 비로소 그 지급의무가 발생하는 후불적 임금은 연구개발에 직접적으로 투입되었다고 보기 어려운 점 등으로 보아, 청구법인이 경정청구한 퇴직급여는「조세특례제한법」의 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상이 되는 인건비의 범위에 포함된다고 보기는 어렵다고 판단된다.(조심 2011부1401, 2012.2.16. 조세심판관 합동회의 같은 뜻)

 

따라서, 처분청이 이를「조세특례제한법」의 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상이 되는 인건비에 해당하지 아니한 것으로 보아 세액 공제를 배제하여 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

 

4. 결 론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

 

[2] 조심2012서3071, 2012.12.20
【제목】

○○○○○○○가 제3자에게 재위탁한 것으로 보아 세액공제를 부인한 △△억원에 대하여는 연구기관 또는 전담부서를 보유한 기업이 수행한 것인지를 재조사하여 연구개발전담부서를 보유한 기업이 수행한 것으로 확인되는 지출금액을 연구ㆍ인력개발비세액공제 적용대상으로 하여 세액을 경정하는 것이 타당함

 

【주문】
OOO세무서장이 2012.3.12. 및 2012.3.28. 청구법인에게 한 2006사업연도 법인세 OOO원 및 OOO원의 부과처분은 OO정보통신주식회사와 OOO주식회사가 각각 수행한 용역분(연구개발 전담부서 외의 부서가 수행한 용역 포함)에 대하여는「조세특례제한법」 제10조 제1항의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 적용대상으로 하고, OOOOOOO주식회사가 제3자에게 재위탁한 금액(OOO원)에 대하여는 같은 법 시행령【별표6】1.의 나목에서 규정하는 연구기관 또는 전담부서를 보유한 기업이 수행한 것인지를 재조사한 결과에 따라 위 규정에 의한 세액공제 적용대상으로 하여 그 세액을 각각 경정한다.

 

【이유】

1. 처분개요

가. 청구법인은 OOO에서 금융업(여신전문업)을 영위하는 법인으로서 2006사업연도에 ‘OOO카드 신통합시스템 등 차세대시스템’(이하 “쟁점시스템”이라 한다) 구축을 목적으로 연구전담부서를 보유한 외부개발기관인 OOO정보통신주식회사(이하 “OOO정보통신”이라 한다)에 개발용역(이하 “쟁점시스템개발용역”이라 한

다)을 위탁하고 총 OOO원(이하 “총연구개발비”라 한다)을 지출하였고, OOO정보통신은 쟁점시스템 개발을 위한 프로젝트 기획ㆍ관리ㆍ검수를 수행하고 총연구개발비 중 OOO원에 상당하는 시스템 구축용역은 OOO주식회사(이하 “OOO”라 한다) 등에게 재위탁한 것과 관련하여,
청구법인은 당초 법인세 신고ㆍ납부시에는「조세특례제한법」(이하 “같은 법”이라 한다, 2010.1.1. 법률 제9921호로 개정되기 전) 제10조(연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제)를 적용하지 아니하고 같은 법 제24조(생산성향상시설투자 등에 대한 세액공제)를 적용하였다가 2009.3.20. OOO세무서장에게 총연구개발비 중 OOO원(이하 “경정청구액”이라 한다)이 위 규정의 연구ㆍ인력개발비에 해당하는 것으로 경정청구를 하였고, OOO세무서장은 이 중 OOO원을 위 규정의 세액공제대상으로 인정하여 청구법인에게 2006사업연도 법인세 O,OOO,OOO,OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 법인세 환급가산금 OOO원, 농어촌특별세환급가산금 OOO원 등 총 OOO원을 환급해 주었다.

 

나. OOO지방국세청장(이하 “조사관청”이라 한다)은 OOO세무서장이 세액공제대상으로 인정한 연구개발비 OOO원 중 OOOOOOO가 20개 업체에 재위탁한 용역에 대한 지출액 OOO원은「조세특례제한법」 제10조의 세액공제대상이 아니라고 처분청에 자료통보하였다.

 

다. 처분청은 2012.3.12. OOO가 제3자에게 재위탁한 용역분 OOO원에 대하여 연구ㆍ인력개발비 세액공제를 배제하여 청구법인에게 2006사업연도 법인세 OOO원을 경정ㆍ고지(이하 “1차증액경정처분”이라 한다)하였고, 2012.3.28. OOO정보통신과 OOO 등 수탁기관이 연구개발사업 수행시 해당 용역을 모두 전담부서 외의 인력을 이용하여 수행한 것으로 보아, 당초 연구전담부서를 보유하고 직접 용역을 수행한 것에 대하여 세액공제대상으로 인정한 연구개발비 OOO원에 대한 세액공제를 배제하여 청구법인에게 2006사업연도 법인세 OOO원 및 환급가산금 OOO원을 추가로 경정ㆍ고지(이하 “2차증액경정처분”이라 한다)하였다.

 

라. 청구법인은 이에 불복하여 2012.6.7. 심판청구를 제기하였다.

 

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장
(1) 1차증액경정처분 관련
조세법률주의의 원칙상 조세감면 요건에 대한 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 엄격하게 하여야 할 것인 바, 연구 및 인력개발비 세액공제를 규정하고 있는「조세특례제한법」 제10조, 같은 법 시행령 제9조, 같은 법 시행령 [별표6], 같은 법 시행규칙 제7조 등에 의하면 국내외 기업의 전담부서에 기술개발용역을 위탁함에 따라 발생하는 비용은 세액공제대상으로 규정하고 있고, 관련 규정 어디에도 재위탁분을 세액공제대상에서 제외하도록 규정하고 있지 아니하며, 대규모 전산개발용역의 일부를 재위탁하는 것은 아이티(IT)업계의 일반적인 관행이고 같은 법 시행규칙에서 인용하고 있는「기술개발촉진법」상 교육과학기술부장관이 발주하는 연구개발사업의 경우에도 협약의 당사자인 주관연구기관은 연구과제의 일부를 제3자에게 재위탁할 수 있으며, 재위탁 비용의 지출을 인정하고 있음에도 불구하고, 처분청이 당해 규정을 확장 해석하여 재위탁 용역분을 세액공제대상에서 제외하여 과세한 처분은 부당하며, 2012.2.2. 개정된 같은 법 시행령 [별표6]의 나목에서도 “위탁(재위탁을 포함한다)”이라고 규정하여 재위탁을 연구ㆍ인력개발세액공제대상으로 포함하고 있는 바, 이는 시행령의 개정을 통하여 연구전담부서를 보유한 기관이 수행한 용역은 위탁ㆍ재위탁의 구분없이 세액공제대상임을 명확하게 확인한 것이라 할 것이므로 이 건 처분은 취소되어야 한다.

 

(2) 2차증액경정처분 관련
연구개발 전담부서를 보유한 기업에게 기술개발용역을 위탁함에 따라 지급하는 비용과 전담부서 외의 다른 부서 소속직원이 수행한 개발용역의 대가로 지출하는 비용 전부가 세액공제대상임을 밝힌 다수의 유권해석(법인22601-1189, 1992.5.30., 서이46012-10652, 2001.11.30., 법인-675, 2010.7.14., 재조예-36, 2005.1.13,)이 존재하고, 조세심판원 결정례(조심 2011서1923, 2012.6.8. 합동회의)에서도 연구개발부서를 보유한 기업에게 전산시스템개발을 위탁한 비용에 대해서 위탁연구개발세액공제를 인정하여 주었고, 최근 백화점을 영위하는 법인이 위탁개발용역을 국내기업에 위탁한 경우에 수탁기업의 일반부서인 시스템 구축 등 프로젝트 팀에서 연구개발업무를 전담ㆍ수행한 사안에 대해서 세제지원 대상인 기업부설연구소와 기업의 연구개발전담부서는 자체적으로 영리목적의 연구활동을 수행하는 독립기관이 아니라 기업의 일부로 존재하는 것이므로 그 용역의 계약을 전담부서가 아닌 다른 부서에서 수행하는 경우에도 연구 및 인력개발비 세액공제가 가능하다고 결정한 바(조심 2009서3678, 2010.9.1.), 이러한 일관된 과세관청의 유권해석 및 조세심판원의 선결정례에 따라 법인세 신고를 진행한 납세자의 신뢰는 보호되어야 할 것이다.

 

나. 처분청 의견
(1) 1차증액경정처분 관련

조세법률주의의 원칙에서 파생되는 엄격해석의 원칙은 납세자에게 유리하다고 하여 합리적인 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 합법성의 원칙에 따라 법문대로 엄격하게 해석하여야 한다는 의미인 바, 같은 법 시행령 [별표6] 1호 나목에서 ‘국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서에 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용’으로 규정하고 있으므로, 이를 수탁자가 재위탁한 경우까지 적용되는 것으로 해석하는 것은 확장해석에 해당되며, 기획재정부 예규(재조예-844, 2009.9.25.)도 재위탁 부분에 대하여는 세액공제대상에 해당하지 않음을 명확히 하고 있으므로 당초 처분은 정당하다.

 

(2) 2차증액경정처분 관련


위 [별표6]에서 위탁연구개발의 경우 전담부서에 위탁하는 연구개발비가 세액공제대상이라고 명백히 규정하고 있는 바, 이는 전담부서에서 수행하여 발생한 연구개발비에 한하여 세액공제하는 것이며 전담부서가 아닌 부서에서 용역을 수행하다 발생한 비용에 대하여는 연구개발비 세액공제를 적용할 수 없다는 것이므로, 설사 재위탁 부분이 세액공제가 가능하더라도 재위탁 받은 기업의 전담부서에서 용역을 수행한 경우에만 공제가 가능한 것으로 한정되어져야 할 것인 바, 재위탁받은 기업의 전담부서가 아닌 일반적인 영업부서의 용역에 대해서는 공제대상이 될 수 없으며, 청구법인은 이 건에 대하여 그동안 비과세 관행이 성립되었다며 신의칙에 반하는 소급과세임을 주장하고 있으나,

 

전담부서에서 위탁한 경우만 세액공제대상으로 인정하는 해석사례(재조세46070 -310, 1996.10.14, 서이46012-10196, 2003.1.27, 서이46012-11145, 2003.6. 13, 상담2팀-111, 2004.1.30., 상담2팀-2283, 2006.11.9. 등)가 다수 있고 지속적으로 과세도 이루어지고 있었으므로 청구주장은 사실을 잘못 파악한 착오로 보여지고, 기술융합추세에 따라 기업부설연구소와 전담부서는 자체 연구개발 활동만을 하지 않고 일반적으로 위탁ㆍ공동연구를 하고 있고, 교육과학기술부에서도 수탁한 용역에 대하여도 연구개발 활동으로 인정하지만 연구개발 활동은 상업화하기 이전단계의 활동으로 국한하는 것이므로 영리업체의 전담부서 외의 부서에서 수행한 시스템개발 행위는 창의적 특정기술 개발 활동이 아닌 영업 활동인 바, 전담부서 외의 부서에서 수행한 연구개발 위탁용역비에 대해 세액공제를 인정할 경우 법적 안정성을 크게 해칠 것으로 판단되므로 청구주장은 받아들일 수 없다.

 

3. 심리 및 판단
가. 쟁점
① 연구개발용역을 위탁받은 기업이 연구개발 전담부서가 있는 기관에 재위탁한 경우에 지출된 위탁개발비가「조세특례제한법」 제10조(연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제)에서 규정하는 공제대상에 해당되는지 여부

 

② 연구개발 전담부서가 있는 기관의 동 전담부서 외의 부서에서 수행한 용역의 대가를 동 규정의 세액공제대상으로 인정할 수 있는지 여부

 

나. 사실관계 및 판단
(1)「조세특례제한법」 제10조(연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제) 제1항, 같은 법 시행령【별표6】(2010.2.18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것) 및 같은 법 시행규칙(2010.4.20. 기획재정부령 제151호로 개정되기 전의 것) 제7조(연구 및 인력개발비의 범위) 제1항은 소비성서비스업을 제외한 사업을 영위하는 내국인이「기술개발촉진법 시행규칙」 제7조에 따라 인정받은 기업부설연구소와 같은 규칙 제8조에 따라 교육과학기술부장관에게 신고한 기업 내의 연구개발전담부서를 보유한 국내외 기업에 기술개발용역 등을 위탁하고 지출한 비용에 대하여는 이를 해당 과세연도의 법인세에서 일정금액을 해당 과세연도의 법인세에서 공제하도록 규정하고 있는 반면, 2010.2.18. 대통령령 제22037호로 개정된 같은 법 시행령【별표6】에서는 전사적기업자원관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용은 연구ㆍ인력개발비 세액공제를 적용받는 비용에서 제외하고 있으나, 동 개정 시행령 부칙(제2조)은 동 개정 규정을 2010.1.1. 이후 개시하는 과세연도분부터 적용하는 것으로 규정하고 있으며, 2012.2.2. 법률 제23590호로 개정된 동【별표6】의 나목은 “위탁(재위탁을 포함한다)함에 따른 비용”이라고 규정하고 있다.

 

(2) 청구법인의 경정청구에 대한 현지확인 결과보고서(OOO세무서장, 2009년 6월)에 의하면, OOO세무서장은 청구법인이 연구개발 전담부서를 보유한 OOO정보통신에 쟁점시스템 개발용역을 위탁하고, OOO정보통신이 다시 OOO 외 21개 업체에 관련 용역을 재위탁하고 지출한 비용에서 범용소프트웨어 구입 및 하드웨어 관련 구입비용, 위탁ㆍ재위탁을 불문하고 연구개발 전담부서가 없는 기관에 지출한 비용은 연구개발비에서 제외하고, 나머지 쟁점시스템 개발에 필요한 기술인력(연구원)의 인건비는 세액공제대상으로 인정한 것으로 나타나는 바, 당시 연구개발비 관련 세액공제대상 부인 내역은 다음 <표>와 같다.

 

(3) 쟁점시스템개발용역과 관련된 계약서를 보면, 2005.10.31. 청구법인과 OOO정보통신이 계약금액을 OOO원, 프로젝트명을 ‘OOO카드 신통합시스템 구축’으로 한 ‘쟁점시스템 구축을 위한 개발용역계약’을 체결하였으며, 같은 날 OOO정보통신과 OOO간에 계약금액 OOO원에 같은 프로젝트명의 계약이 체결된 것으로 나타나고, 각 계약서의 첨부서류로는 견적서 외에 2005.9.1. 청구법인과 OOO간에 작성한 청구법인의 ‘신통합시스템 구축’을 위한 ‘전략적 제언 협의사항’ 및 ‘프로젝트 수행계획서’가 있다.

 

(4) 조사관청의 보정사항 검토조서(2012년 2월)에 의하면, 조사관청은 위 관련 계약서를 근거로 청구법인과 OOO정보통신이 쟁점시스템 개발용역에 대한 계약을 체결하고 OOO정보통신이 다시 OOO에 관련 용역을 재위탁하는 계약을 체결하였으나, 청구법인과 OOO가 위 계약체결 이전인 2005.9.1. 쟁점시스템 구축을 위하여 프로젝트 수행에 따른 협의를 한 사실이 있음을 이유로 OOO가 수행한 쟁점시스템개발용역은OOO정보통신으로 재위탁받은 것이 아니라 청구법인으로부터 직접 위탁받은 것으로 보아 연구개발 전담부서를 보유한 OOO가 수행한 용역의 대가는 이를 세액공제대상으로 인정하되, 청구법인이 2009년도에 OOO세무서장으로부터 세액공제대상 연구개발비로 인정받은 OO,OOO,OOO,OOO원 중 OOO가 제3자에게 재위탁한 비용은 OOO원은 세액공제를 부인하여 처분청에 자료통보한 것으로 되어 있다.

 

(5) 처분청은 조사관청으로부터 자료통보를 받고 OOOOOOO가 OOO정보통신으로부터 재위탁받은 용역분 중 제3자에게 재위탁한 용역분에 대하여 1차증액경정처분을 한 후, OOO와 OOO정보통신이 직접 수행한 용역분 OOO원에 대하여도 전담부서 외의 인력으로 용역을 수행한 것으로 보아 모두 세액공제를 부인하여 2차증액경정처분을 하였다.

 

(6) 관련 법령 및 사실관계 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 살펴보면, 청구법인이 소비성서비스업이 아닌 금융업을 영위하고 있는 점, OOO정보통신이「조세특례제한법 시행규칙」 제7조(연구 및 인력개발비의 범위)에서 규정하는 연구개발 전담부서를 보유하고 있는 점, 쟁점시스템 개발에 관한 위탁비용을 연구ㆍ인력개발비 세액공제를 적용받는 비용에서 제외한 같은 법 시행령【별표6】은 2010.1.1. 이후 개시하는 과세연도분부터 적용되는 점 등에 비추어, 청구법인이 2006사업연도에 지출한 총연구개발비 중 OOO정보통신이 직접 수행한 용역의 대가는 연구ㆍ인력개발비 세액공제대상에 해당한다 할 것이고,


OOO정보통신이 OOO에게 쟁점시스템 개발용역을 위탁하고 OOO가 다시 20개 업체에 관련 용역의 일부를 재위탁한 것에 대하여는 같은 법 제10조 등 관련규정에서 연구개발용역의 수탁자가 그 용역의 일부를 제3자에게 다시 위탁할 경우 해당 비용을 세액공제대상에서 제외한다는 규정을 두고 있지 아니한 점,【별표6】에서 자체기술개발 뿐만 아니라 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용을 세액공제대상으로 하면서 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서로 위탁대상 기관을 한정한 것은 동 용역을 수행한 당해 기관의 기술력, 전문성 등을 담보하기 위한 데에 그 취지가 있는 것으로 보이는 바, 전담부서를 보유한 수탁자가 수탁용역 중 일부를 제3자에게 재위탁하였다 하더라도 재위탁받은 제3자가【별표6】의 규정에서 정한 전담부서에 해당하는 경우에는 세액공제대상으로 보는 것이 위 규정의 취지에 부합한다고 할 수 있는 점 등을 감안할 때, 재위탁분도 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제대상으로 보는 것이 타당하다고 판단된다(조심 2011서1923, 2012. 6.8. 합동회의 참조).

 

다음으로 쟁점②에 대하여 살펴보면, 위【별표6】이 연구ㆍ인력개발비 세액공제대상으로 국내외 기업의 연구기관(과학기술분야를 연구하는 경우에 한한다) 또는 전담부서에게 기술개발용역 등을 위탁함에 따른 비용을 규정하고 있고,「기초진흥연구 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령」 제17조 제1항에서 기업부설연구소 또는 전담부서의 직원들은 해당 기업의 연구업무 외에 다른 업무를 겸할 수 없으며, 해당 기업은 연구 전담요원 등이 연구에만 전념할 수 있도록 규정하고 있어 전담부서에서는 사실상 위탁업무를 수행하기 어려운 것으로 보이는 반면, 오늘날의 기술개발은 융합개발로 대규모 전산개발용역을 수행하기 위해서는 한 기업의 기술만으로 개발하기는 한계가 있어 결국 다른 기업의 기술을 구입(위탁)하여 수행할 수밖에 없다고 보이는 점 등에 비추어, 각 연구기관 또는 전담부서에서 직접 수행하지 않고 다른 부서에서 관련 용역을 수행하였다고 하더라도 연구기관 또는 전담부서를 보유한 기업에게 재위탁한 비용이라면 이를 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제대상으로 보는 것이 타당하다고 판단된다(조심 2009서3678, 2010.9.1. 참고).

 

따라서, 처분청의 이 건 부과처분은 연구개발 전담부서를 보유한 OOO정보통신과 OOO가 수행한 용역분에 대하여는 용역을 수행한 부서가 연구개발 전담부서인지 아니면 다른 부서인지 여부와 관계없이「조세특례제한법」 제10조 제1항의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 적용대상으로 하고, OOO세무서장이 2009년도에 세액공제대상으로 보아 환급을 해주었으나, 조사관청과 처분청이 OOOOOOO가 제3자에게 재위탁한 것으로 보아 세액공제를 부인한 OOO원에 대하여는 같은 법 시행령(대통령령 제22037호, 2010.2.18. 개정되기 전의 것)【별표6】1.의 나목에서 규정하는 연구기관 또는 전담부서를 보유한 기업이 수행한 것인지를 재조사하여 연구개발 전담부서를 보유한 기업이 수행한 것으로 확인되는 지출금액을 같은 법 제10조 제1항에 따른 세액공제 적용대상으로 하여 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

 

4. 결론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

 

[3] 수원지법2012구합1700, 2012.12.14
【제목】

최저한세 적용대상인 임시투자세액공제와 최저한세 배제대상인 외국인투자세액감면이 동시 적용되는 경우 법인세법상 공제감면 순서에 따라 세액감면을 먼저 적용하는 것이며, 조세특례제한법상의 최저한세액에 미달하는 세액에 대한 감면 등의 배제 규정이 법인세법상 공제감면 순서의 예외를 정한 ‘별도의 규정’으로 보기는 어려움

 

【원고】
AAAA 주식회사

 

【피고】
평택세무서장

 

【주문】
1. 피고가 2010. 12. 1. 원고에 대하여 한 2006사업연도 귀속 법인세 000원의 부과처분을 취소한다.
2. 소송비용은 피고가 부담한다.

 

【청구취지】
주문과 같다.

 

【이유】
1. 처분의 경위
가. 원고는 2001. 4. 2. 전자재료 및 일반화학품의 제조 및 판매를 목적으로 설립된 외국인투자법인이다.

 

나. 원고는 구 조세특례제한법(2003. 12. 30. 법률 제7003호로 개정되기 전의 것, 이 하 같다) 제121조의2의 규정에 따라 반도체 재료인 ARC(Anti Reflective Coating) 및 LCD용 액정배향제(Alignment Coating) 제조사업으로 인한 소득에 대한 법인세에 외국 인투자비율(= 85%)을 곱한 세액 중 최초로 소득이 발생한 과세연도 개시일부터 7년 동 안은 그 전액을, 이후 3년 동안은 그 50%를 각 감면하는 외국인투자법인세감면(이하 ‘외국인투자세액감면’이라 한다) 결정을 받았다. 원고는 2002 내지 2004사업연도에는 결손금이 발생하여 법인세를 감면받지 못하다가, 2005사업연도부터 구 조세특례제한법 소정의 임시투자세액공제 및 고용증대특별세액공제(이하 통틀어 ‘임시투자세액공제등’ 이라 한다)와 동시에 적용받게 되었다.

 

다. 원고는 피고에게 2005, 2006사업연도 법인세를 각 신고ㆍ납부하면서 구 법인세법 (2009. 12. 31. 법률 제9898호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)에 따라 아래 표와 같이 산출세액에서 먼저 외국인투자세액감면을 적용한 후 임시투자세액공제등을 적용하였다.
(아래표 생략)

 

라. 그런데 피고는 원고의 위 세액감면ㆍ공제 순서와는 달리, 산출세액에서 최저한세가 적용되는 임시투자세액공제를 먼저 적용한 다음 최저한세가 적용되지 않는 외국인투자 세액감면을 적용하여 2010. 12. 1. 원고에게 2006사업연도 귀속 법인세 000원 (가산세 포함)을 경정ㆍ고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

 

마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2011. 11. 22. 위 청구가 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증, 을 제1호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

 

2. 본안전 항변에 관한 판단
피고는 아래의 원고 주장과 같이 구 조세특례제한법 제132조 제1항의 최저한세 규정 이 구 법인세법 제59조 제1항 소정의 공제감면 순서의 예외를 정한 ‘별도 규정’에 해당하지 않음을 전제로 해당 법인세액을 계산하면 오히려 이 사건 처분의 세액보다 더 많은 금액이 산출되므로, 위 처분의 취소를 구하는 원고의 이 사건 소는 소의 이익이 없어 부적법하다고 항변한다. 그러나 원고의 주장을 전제로 세액을 계산하면 이 사건 처분의 세액보다 많은 금액이 산출된다고 단정할 수 없을 뿐 아니라, 설령 그렇지 않다 하더라도 피고가 주장하는 바와 같은 사정만으로는 이 사건 처분의 취소를 구할 소의 이익이 없다고 볼 수 없다. 피고의 본안전 항변은 이유 없다.

 

3. 이 사건 처분의 적법 여부
가. 당사자의 주장
(1) 원고의 주장
법인세액 산출에 있어 세액감면과 세액공제가 동시에 적용되는 경우 구 법인세법 제59조 제1항에 따라 별도의 규정이 없는 한 세액감면을 먼저 적용한 다음 세액공제를 적용하여야 한다. 그리고 구 조세특례제한법 제132조 제1항은 세액공제ㆍ감면의 적용순 위를 정한 규정이 아니라 최저한세 적용대상이 되는 공제ㆍ감면 금액의 한도를 계산하는 방법을 정한 규정에 불과하므로 구 법인세법 제59조 제1항 소정의 공제ㆍ감면 순서 의 예외규정인 ‘별도의 규정’에 해당하지 아니한다. 그럼에도 피고가 이와 달리 구 조 세특례제한법 제132조 제1항을 구 법인세법 제59조 제1항 소정의 공제ㆍ감면 순서에 관한 ‘별도의 규정’으로 보아 산출세액에서 세액공제를 먼저 적용한 다음 세액감면을 적용하여 해당 법인세를 증액 경정한 것은 위법하다.

 

(2) 피고의 주장
외국인투자세액감면은 ‘최저한세가 적용되지 않는 세액공제감면’이고, 임시투자세액 공제등은 ‘최저한세가 적용되는 세액공제감면’이다. 그리고 구 조세특례제한법 제132조 제1항의 최저한세 규정은 내국법인 등의 각 사업연도의 소득에 대하여 ‘최저한세가 적용되지 않는 세액공제감면 등’을 적용하기 전 단계에서 ‘최저한세가 적용되는 세액공제 감면’을 적용하여 법인세를 계산하기 위한 규정이므로, 공제ㆍ감면의 순서를 정한 구 법인세법 제59조 제1항의 특별규정에 해당한다. 따라서 구 조세특례제한법 제132조 제1항에 따라 최저한세가 적용되는 임시투자세액공제등을 먼저 적용한 후 최저한세가 적 용되지 않는 외국인투자세액감면을 적용한 이 사건 처분은 적법하다.

 

나. 관계법령
별지 기재와 같다.

 

다. 판단
(1) 이 사건의 쟁점은 구 조세특례제한법 제132조 제1항의 최저한세 규정이 적용되는 임시투자세액공제등과 위 최저한세 규정이 적용되지 않는 외국인투자세액감면이 동 시에 적용되는 경우 그 적용의 순서이다.

 

(2) 그러므로 이하에서는 위 공제ㆍ감면 규정의 적용 순서에 관하여 보건대, 아래의 각 사정들을 종합하면, 구 조세특례제한법 제132조 제1항의 최저한세 규정에도 불구하 고 구 법인세법 제59조 제1항에 따라 외국인투자세액감면을 임시투자세액공제등보다 먼저 적용하여야 한다고 봄이 상당하다.

 

(가) 구 법인세법 제59조 제1항에 의하면, 법인세의 감면에 관한 규정과 세액공제에 관한 규정이 동시에 적용되는 경우 그 적용은 별도의 규정이 있는 경우를 제외하고는 ‘㉠ 각 사업연도의 소득에 대한 세액감면, ㉡ 이월공제가 인정되지 아니하는 세액공제, ㉢ 이월공제가 인정되는 세액공제’ 순서로 적용하여야 한다. 그런데 외국인투자세액감 면은 구 법인세법 제59조 제1항 제1호 소정의 ‘㉠ 각 사업연도의 소득에 대한 세액감면’에 해당하고, 임시투자세액공제등은 구 법인세법 제59조 제1항 제3호 소정의 ‘㉢ 이월공제가 인정되는 세액공제’에 해당한다. 그러므로 법인세법 및 다른 법률에서 그 적용순위에 관한 ‘별도의 규정’이 없는 이상 외국인투자세액감면이 임시투자세액공제등보 다 먼저 적용되어야 한다.

 

(나) 구 조세특례제한법 제132조 제1항, 같은 법 시행령 제126조 제2항은 각 사업 연도의 소득에 대한 법인세를 산출함에 있어 ‘최저한세 적용대상이 아닌 감면 등’을 하지 아니하고 산출한 세액에서 ‘최저한세가 적용되는 감면 등’을 한 후에 남는 세액을 산출하여 그 세액이 최저한세에 미달하는 경우 그 미달하는 세액에 상당하는 부분은 감면 등을 하지 아니한다고 규정하고 있다. 그러나 다음과 같은 사정에 비추어 구 조세특례제한법 제132조에서 정한 최저한세가 구 법인세법 제59조 제1항이 정한 공제감면 순서의 예외를 정한 ‘별도의 규정’이라고 보기 어렵다.

 

① 앞서 본 구 조세특례제한법령은 그 문언상 ‘최저한세가 적용되는 감면 등의 한도’를 정하는 방법을 규정하고 있을 뿐, 최저한세가 적용되지 않는 감면과의 적용순서 를 직접적으로 표현하고 있지 않다.

 

② 구 조세특례제한법 제132조 제1항은 세액 산출의 적용순서를 정한 것이라기보다는, ’최저한세 적용대상인 감면 등’을 하고 나서 법인세를 산출할 경우 그 법인세에 서 다시 ‘최저한세 적용대상인 감면 등’을 하는 것은 ‘최저한세 적용대상인 감면 등’을 이중으로 하는 셈이 되므로 ‘최저한세 적용대상인 감면 등’은 하지 아니하고 법인세를 산출하는 것은 당연하다는 점에서, 그 취지를 별도로 규정하지 않고 ‘최저한세 적용대상이 아닌 감면 등’을 할 것인지 여부만을 규정한 것으로 보인다.

 

③ 이 사건과 같이 감면 등의 적용순서의 차이에 따라 이월공제액에서 차이가 발생하는 경우에도, 구 조세특례제한법 제132조 제1항에 따라 산출되는 최저한세액은 변동이 없으므로 위 규정에 최저한세의 산출과 연관된 ‘감면의 적용순서’가 내포되어 있다고 보기 어렵다.

 

④ 구 조세특례제한법 시행령 제126조 제4항은 납세의무자가 신고한 법인세액이 최저한세에 미달하여 법인세를 경정하는 경우에 ‘최저한세 적용대상인 감면 등’의 범위 내에서 그 배제순서를 정하고 있다.

 

(다) 피고는 ‘최저한세 적용대상인 감면 등’이 우선 적용되어야 하는 근거로 구 법인세법 시행규칙(2006. 3. 14. 재정경제부령 제497호로 개정되기 전의 것) 제82조 제1항 제3호 별지 제3호 서식 ‘법인세과세표준 및 세액조정계산서’, 같은 항 제4호 별지제4호 서식 ‘최저한세조정계산서’ 등의 작성요령을 들고 있다. 그러나 이는 구 법인세 법 및 같은 법 시행령에서 법인세의 신고ㆍ납부에 필요한 행정절차를 규정한 것에 불과하므로, 상위법령인 구 법인세법 제59조 제1항이 정한 공제ㆍ감면의 적용순서의 예외를 정한 ‘별도의 규정’으로 볼 수 없다.

 

(라) 2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정된 현행 조세특례제한법 제132조 제3항은 최 저한세가 적용되는 감면 등과 그 밖의 감면 등이 동시에 적용되는 경우 최저한세가 적용되는 감면 등을 먼저 한다고 규정함으로써 구 법인세법 제59조 제1항에서 정한 적용 순서와 달리 감면순서를 정하고 있다. 그러나 조세법률주의의 원칙에 비추어 위 조항은 구 법인세법 제59조 제1항, 구 조세특례제한법 제132조 제1항의 해석상 당연한 감면순서를 확인하는 조항이 아니라 구 법인세법 제59조 제1호에서 정한 감면순서의 예외를 새로이 창설한 조항으로 보아야 한다. 따라서 이 사건 법인세의 사업연도 및 이 사건 처분 후에 신설된 위 규정은 이 사건 처분에 적용할 수 없다.

 

(3) 따라서 원고에 대한 법인세를 부과하면서 외국인투자세액감면보다 임시투자세액 공제등을 먼저 적용하여 해당 법인세액을 증액 경정한 이 사건 처분은 위법하다.

 

4. 결론
그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.


5. 기타세법

 

[1] 법규부가2012-493, 2012.12.28
【제목】
○○은행이 상환우선주를 재원으로 하여 발행한 수익권증서를 보유하고 있는 ○○공사가 해당 수익권증서를 양도하여 상환우선주의 권리가 양수인에게 이전되는 경우 증권거래세 과세대상에 해당하는 것임

 

【질의】
(사실관계)
o ◎◎공사(이하 “신청인” 이라 함)는 금융회사의 부실채권을 인수ㆍ정리하는 업무를 수행하고 있으며 2000년 투신사 등 금융회사로부터 (주)갑의 여신을 인수함.

 

o (주)갑은 회사정리절차 진행 중 법원의 정리변경계획에 따라 (주)을에게 우량자산을 양도(잔존법인은 청산)하였고, 양도대가로 (주)갑은 약속어음을 취득 후 다시 신설회사 (주)을에 현물출자하여 (주)을의 우선주를(××만주) 수령함.

 

o (주)갑은 수령한 우선주를 ○○은행에 신탁하고 수익권증서를 발행, 신청인을 포함한 다수의 채권자는 동 수익권증서를 수령함으로써 채권회수에 갈음함.

o 신탁수익권증서는 우선주에 기초하고 있으며 (주)을의 배당 가능이익 발생 시 배당하며 원본은 20××년부터 20××년까지 ×년간 분할상환 변제조건임.

 

o 동 수익권증서(신탁된 우선주) 중 신청인 지분은 ××%로 해당 지분을 20××.×.××. □□에 매각함.유가증권 신탁계약서
위탁자 : (주)갑, 수탁자 : ○○은행

 

제1조(목적)

① 위탁자는 별지에 기재된 유가증권을 관리, 운용 및 처분할 목적으로 수탁자에게 신탁하며 수탁자는 이를 수탁한다.

② 위탁자는 수탁자의 동의를 얻어 신탁유가증권을 추가할 수 있으며 이 경우 추가한 유가증권에도 이 계약을 적용한다.

 

제2조(신탁계약) 제1조에 의하여 신탁한 유가증권의 수탁가액은 신탁업감독규정 시행세칙에 의하며, 주권의 경우에는 수탁당시의 시가, 채권의 경우에는 액면금액으로 한다. 다만, 주권의 경우 시가 산정이 곤란할 때에는 액면금액으로 한다. 일금 ××,×××억원정으로 한다.

 

제3조(수익자) 이 신탁의 수익자는 다음과 같다.
신탁원본의 수익자 : ◎◎공사 외 채권금융기관 등

 

제6조(수익권증서의 발행) 수탁자는 본 신탁에 따른 수익권을 표시하는 의미의 수익권증서를 발행하여 수익자에게 교부한다.

 

제7조(관리, 운용 및 처분) 수탁자는 신탁재산을 다음 각 호의 방법으로 관리, 운용 및 처분하며 위탁자의 별도 지시가 있을 경우에는 그에 따른다.
1. 보관
2. 채권이자, 주식배당금, 무상주식 등의 수령
3. 수탁유가증권 원본의 추심
4. 주주권, 사채권의 행사
5. 유상주식의 청약
6. 유가증권의 매각 등 처분
7. 기타 관리, 운용 및 처분에 필요한 사항

 

유가증권 신탁 수익권 증서
위탁자 : (주)갑, 수익자 : ◎◎공사

 

ㆍ이 수익권 증서는 신탁계약에서 규정하는 수익권을 표창하는 증서로서 수탁자는 신탁계약이 정하는 바에 따라 수익자에게 신탁재산으로부터 발생하는 수익을 지급하게됩니다.

ㆍ(주)을의 우선주에 관하여는 그 상환 즉시 상환금을 수익자가 지정하는 계좌로, 신탁원본에 대한 수익은 매년 ×월××일 수익자가 지정하는 계좌로 지급합니다.

 

(질의내용)
o 신청인이 상환우선주를 기초로 발행된 수익권증서를 매각한 경우 증권거래세 과세 대상인지 여부

 

【회신】
○○은행이 상환우선주를 재원으로 하여 발행한 수익권증서를 보유하고 있는 ○○공사가 해당 수익권증서를 양도하여 상환우선주의 권리가 양수인에게 이전되는 경우「증권거래세법」 제1조에 따른 증권거래세 과세대상에 해당하는 것임.

 

[2] 소비세과-403, 2012.12.11
【제목】
계약이전 결정에 따라 부실저축은행을 인수한 금융기관이 부실저축은행이 보유하던 주식을 양수한 후 이를 다시 거래소에서 매각할 때 증권거래세 과세여부

 

【질의】
(사실관계)
o ○○저축은행은 금융위원회의 계약이전 결정에 따라 부실저축은행 3개사를 인수하면서 부실저축은행이 보유중이던 상장주식을 양수한 후 이를 다시 거래소 시장에서 매도

 

(질의내용)
o계약이전 결정에 따라 부실저축은행을 인수한 금융기관이 부실저축은행이 보유하던 주식을 양수한 후 이를 다시 거래소에서 매각할 때 증권거래세 과세여부

 

【회신】
부실금융기관이 보유하고 있던 주권을 계약이전결정에 따라 양수받은 금융기관이 다시 이를 양도하는 경우 증권거래세가 감면되는 것임.

 

[3] 국제세원-521, 2012.11.27
【제목】
원천징수의무자뿐만 아니라 원천징수대상자인 외국법인도 경정청구권을 행사 할 수 있으며 이 경우 국세환급청구권은 원천징수세액을 실질적으로 부담한 원천징수의무자인 내국법인에게 귀속하는 것임

 

【질의】
(사실관계)
o 거래구조
 

Tax image

 

o 2007. 2. 6. 영국에 주사무소를 둔 FOO와 내국법인 “KOOO" 사이에 F1국제자동차경주의 일부인 한국 경주에 대한 프로모션 계약(이하 “본 계약”)츨 체결하였고, 한국에서 2010.10.24와 2011.11.16에 걸쳐 두 번 F1경주가 있었음.

 

o 본계약 제23조에 의하면 한국 내에서 F1경주을 위하여 FOO가 KOOO에 지원 및 자문서비스를 제공하는 대가로 KOOO는 FOO에 프로모션비용을 지급하되 한국에서 그 프로모션비용에 대하여 원천징수하게 될 때에도 KOOO의 원천징수(공제)와 관계없이, KOOO가 FOO에게 원천징수전의 프로모션비용 총금액을 지급하여야 함.

 

o 지급한 금액 및 원천세일자 미화금액(USD) 원화금액(백만원) 원천세
일자 금액(백만원)
2010.7.30. OOOOOO OOOOO 2010.8.10. OOOOO
2011.7.27. OOOOOO OOOOO 2011.8.10. OOOOO

 

o FOO는 KOOO로부터 받은 프로모션비용이 어떠한 원천징수나 공제 없이 모두 전액 지급받았다는 사실을 인정하고 있음.

 

o FOO는 KOOO로부터 지급받은 금액은 원천징수대상이 아니라고 판단하고 있음.

 

(질의요지)

o 「국세기본법」 제45조의2【경정 등의 청구】에서는 원천징수의무자와 원천징수대상자가 경정청구 할 수 있다고 명시하고 있으나, 상기와 같이 원천세를 그 소득 지급자가 부담하는 경우 원천징수대상자가 경정청구를 할 수 있는 지 여부

 

【회신】
원천징수대상자인 외국법인이 원천징수 의무자인 내국법인과 계약에 따라 원천징수의무자인 내국법인이 원천징수 세액을 전액 부담한 경우에, 원천징수의무자 뿐만 아니라 원천징수대상자인 외국법인도「국세기본법」 제45조의2 제4항에 따른 경정청구권을 행사 할 수 있는 것임.

 

다만, 이 경우 국세환급청구권은 원천징수세액을 실질적으로 부담한 원천징수의무자인 내국법인에게 귀속하는 것임.

 

[4] 법인-490, 2012.08.09
【제목】

금융ㆍ보험업자가 보유자산을 유동화하고 차입거래로 회계처리 한 경우의 교육세 과세표준은 해당거래를 차입거래로 하여 산정하는 것임

 

【질의】
(사실관계)
o 질의법인은 「여신전문금융업법」에 따라 설립된 여신전문금융회사(신용카드사)로서
  보유자산을 유동화 하는 경우 종전까지는 舊기업회계기준에 따라 매각거래로 회계처리하여 매각대가로 받은 후순위채권에 대해서만 이자수익으로 계상하였으나,
  K-IFRS에서는 자산유동화거래를 차입거래로 보도록 하고 있어 유동화자산 전체금액에 대한 이자수익을 회계상 인식하게 됨.

 

(질의요지)

o 여신전문금융회사가 「자산유동화에 관한 법률」에 따라 보유자산을 유동화 하는 경우 교육세 과세표준 산정방법

 

【회신】
「교육세법」 제3조 제1호에 따른 금융ㆍ보험업자가 「자산유동화에 관한 법률」 제13조에 따른 방법으로 보유자산을 양도하고 한국채택국제회계기준(K-IFRS)에 따라 차입거래로 회계처리 한 경우의 교육세 과세표준은 해당거래를 차입거래로 하여 산정하는 것임.(법규과-832, 2012.7.24.)

 

 

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