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  • 타입: KPMG information, Press release
  • 일시: 2014-07-23

Tax Brief 2014년 7월호 

 
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Tax Trend


(1) 지방세법 개정으로 인한 기업 세 부담 변동

 

지방세법이 개정됨에 따라 법인의 지방소득세 공제•감면이 실질적으로 배제되었다. 이에 따라 국내 기업들의 세 부담이 연간 9,500억원 가량 증가할 것이라는 전국경제인연합회의 분석이 나왔다. 특히 대기업뿐 아니라 16만 여개사의 중소기업들의 세 부담이 크게 늘어날 것으로 예상돼 산업 현장의 반발이 거셀 전망이다.

 

그 동안 지방소득세(지방소득세 법인세분)는 국세인 법인세의 부가세였다. 그런데 2015년부터 독립세로 전면 개편되어 이전까지는 기업의 법인세 산출세액에서 각종 공제•감면혜택 금액을 적용한 후 금액에 대해 10%를 부과했지만, 개정 지방세법에서는 공제•감면 혜택금액을 빼기 이전 법인세 산출금액의 10% 해당 금액에서 지방세특례제한법에서 규정하고 있는 공제∙감면을 뺀 금액을 지방소득세 법인세분으로 내는 식으로 납부 방식을 바꿨다. 그러나 현행 지방세특례제한법 상에는 법인의 공제∙감면을 규정하는 조문이 존재하지 않는다.

 

전국경제인연합회는 이처럼 기업의 세부담이 가중되는데도 법 개정 과정에서 기업의 의견이 충분히 반영되지 않았다고 지적했다. 적지 않은 기업들이 국회 본회의 통과 후에야 이 사실을 알았고, 사전에 제대로 공지 받지 못하였다. 작년 11월 15일 지방세법 개정안 입법안이 발의되고 한 달여 뒤인 12월 26일 본회의에서 통과되는 과정에서 공청회 등을 제대로 열지 않았던 것이다.

 

전국경제인연합회 측은 “이번 개정으로 지역경제활성화 정책의 효과를 반감시킬 것으로 우려된다”고 밝혔다. 또한 “갑작스러운 정책 변경으로 외국기업들이 이를 정책리스크 사례로 받아들인다”며 “향후 한국에 대한 투자를 주저할 가능성이 있다”고 지적했다.


(2) 기획재정부 임상시험 용역에 대해 부가가치세 과세

 

기획재정부가 학교법인에서 시행하는 임상시험에 대해 부가가치세를 징수하기로 했다. 앞서 지난 3월 17일 기획재정부는 임상시험 용역의 부가가치세 과세 여부에 대한 국세청의 질의를 받고 검토한 결과 과세 대상에 해당하는 것으로 유권해석을 내린 바 있으며, 기획재정부는 5월 13일 국세예규심사위원회를 열어 의료기관이 제약사에 제공하는 임상시험용역에 대한 부가가치세 과세는 유권해석일(2014년 3월 17일) 이후 체결 분부터 적용된다고 밝혔다.

 

기획재정부는 임상시험 용역은 면세 대상인 '환자에 대한 의료용역이 아니며, 사업자가 기개발된 신약의 효능이나 효과를 입증하기 위한 단순한 임상시험모니터링용역(임상시험진행과정에 대한 정기적인 관찰•기록, 관련자료통계처리 및 보고서작성•보고 등)을 제약회사로부터 발주 받아 제공하는 경우에는 부가가치세가 과세되는 것이라고 회신했다. 아울러 이미 여러 선진국에서 의약품 안전성 검사 등을 목적으로 제약사에 공급하는 시험 용역은 여러 선진국에서 과세하고 있다고 설명했다.

 

기획재정부 부가가치세제과 관계자는 "의료행위 면세는 환자 치료비 부담 완화 차원"이라며 "제약사와 병원간 임상시험을 면세 대상으로 볼 것인가 이견이 있을 수 있다"고 밝혔다. 이어 "보건복지부가 넓게 해석해 의료행위는 무조건 면세라고 할 수 있지만, 기획재정부는 부가가치세 면세 취지에 맞게 엄격하게 해석했다"며 유권해석 입장을 고수했다.

 

일부에서는 임상시험 부가가치세 과세에 따른 세부담 증가에 대해 우려를 표명했지만, 기획재정부는 "과세 시 의료기관은 제약사로부터 부가가치세 포함된 대금을 받아 부가가치세를 납부하며, 제약사도 의료기관에 지급한 부가가치세를 매입세액으로 공제받을 수 있다"며 '세부담은 없을 것'이라고 밝혔다.

 

이와 관련하여 5월 26일 보건복지부는 임상시험 부가가치세 부과에 대한 법령해석을 법제처에 의뢰할 예정으로 실무진 차원의 검토가 진행 중임을 공개하였다.