I den forbindelse har SKAT også udsendt et styresignal om genoptagelse i situationer, hvor en virksomhed i forbindelse med en virksomhedsoverdragelse ikke har fået momsfradrag for de omkostninger, der har kunnet henføres til overdragelsen af kapitalandele i datterselskaber.
Overordnet set er det SKATs opfattelse, at SKF-dommen (C-29/08) ikke ændrer væsentligt på den nugældende danske praksis på området for overdragelse af kapitalandele i datterselskaber, men blot præciserer praksis.
SKF-dommen ændrer således ikke på, hvornår overdragelse af kapitalandele i datterselskaber kan anses for at være økonomisk virksomhed, og hvornår overdragelsen er en momsfri transaktion vedrørende værdipapirer.
Særligt interessant er det at se, hvorledes SKAT forholder sig til fradragsretten for omkostninger knyttet til salg af kapitalandele. Efter hidtidig dansk praksis har der således ikke været fradragsret for moms på sådanne omkostninger. Her bemærker SKAT, at SKF-dommen nærmere præciserer, hvornår en omkostning kan henføres til momsfrie transaktioner, som ikke giver ret til momsfradrag, og hvornår en omkostning kan anses for at være en fradragsberettiget generalomkostning, som giver ret til momsfradrag.
SKAT anerkender således, at der kan være momsfradragsret for omkostningerne, hvis de udelukkende er en del af omkostningselementerne i prisen for de transaktioner, der indgår i den afgiftspligtiges økonomiske virksomhed. SKAT giver ikke eksempler på, hvornår det kan være tilfældet, men angiver dog modsætningsvist, at når formålet med at afholde udgifterne er at påvirke prisen på aktierne i positiv retning, herunder at fremme efterspørgslen efter aktierne, f.eks. ved at identificere potentielle købere af datterselskabsandelene eller informere potentielle købere om muligheden for at erhverve andelene, så vil omkostningerne vedrøre den momsfrie transaktion med salg af kapitalandele uden ret til momsfradrag for omkostningerne.
SKF-dommen har efter styresignal fra SKAT medført en ændring af praksis, der kan give anledning til genoptagelsessager.
Landsskatteretten har i 2001 truffet kendelse om, at et selskab i forbindelse med en virksomhedsoverdragelse ikke kunne få momsfradrag for de omkostninger, der kunne henføres til overdragelsen af selskabets kapitalandele i datterselskaber, selv om selskabet i øvrigt kunne få fradrag for de omkostninger, der kunne henføres til overdragelsen af selskabets øvrige aktiver.
Som følge af SKF-dommen ændres praksis, således at selskaber nu kan få fradrag også for de omkostninger, der kan henføres til overdragelse af kapitalandele i datterselskaber, i samme omfang som selskabet i øvrigt har fradrag for omkostningerne i forbindelse med virksomhedsoverdragelsen.
SKAT bemærker, at der må foretages en samlet, konkret vurdering af, om en overdragelse af kapitalandele i datterselskaber kan anses for at være et salg af kapitalandele eller en virksomhedsoverdragelse.
Virksomheder kan anmode om genoptagelse fra og med den afgiftsperiode, der er helt eller delvist sammenfaldende med den afgiftsperiode, der er påbegyndt, men endnu ikke udløbet, den 29. oktober 2006.
Genoptagelsesanmodningen skal fremsættes af virksomhederne senest 3. maj 2012. Virksomheden skal kunne dokumentere sit krav.