På miljøområdet har Skattekommissionen fokuseret på initiativer, der kan sikre økonomiske incitamenter til at minimere miljøbelastningen.
Der foreslås en afgift på udledninger af kvælstof på 4 kr./kg, som landbruget udleder. Med andre ord rammes landbruget særdeles hårdt af Skattekommissionens forslag. Landbruget skal ikke alene betale en afgift på køernes og grisenes prutter i form af en afgift på metan, men også for den udvaskning til de danske vandmiljøer, der sker på grund
af gødskning af markerne.
Vandområderne belastes også af forurenende stoffer i husholdningers og erhvervs spildevand. En 50 % forøgelse af spildevandsafgiften vil tilskynde til såvel minimering af spildevandsudledninger samt til forbedret rensning hos rensningsanlæg kommunalt og industrielt. Samlet set vil afgiften på kvælstofudledninger og på spildevand sikre væsentligt bedre vandmiljø i Danmark.
Skattekommissionen foreslår en omlægning af emballageafgiften ved at emballageafgiften halveres mod tilsvarende forhøjelse af afgiften på øl, vin, sodavand og spiritus.