Skattekommissionen foreslår en række ændringer, som samlet vil sikre finansieringen af indkomstskattelettelserne.
Skattekommissionens forslag vil få store økonomiske konsekvenser for danske produktionsvirksomheder og landbruget.
Skattekommissionen søger flere måder at reducere energiforbruget og udledninger af drivhus- eller klimagasser. Helt overordnet foreslår Skattekommissionen en forhøjelse af energiafgifterne med 15 % på brændsler og 5 % på elektricitet. Elektricitet er i forvejen hårdere beskattet end brændsler, og med den foreslåede forhøjelse sikres en mere lige beskatning af elektricitet og brændsler. Det indebærer derfor en betydelig forøgelse af afgiftsbelastningen til rumvarme og varmt vand.
De forhøjede energiafgifter kommer de momsregistrerede virksomheder, der på nuværende tidspunkt kan få energiafgiften anvendt til procesformål fuldt ud godtgjort, til at føle. Skattekommissionen foreslår nemlig også, at momsregistrerede virksomheder skal betale en afgift på 15 kr./GJ energi anvendt til proces. Det svarer til ca. ¼ af afgiften på rumvarme og varmt vand, som i 2009 i gennemsnit er 49,8 kr./GJ. Med andre ord betyder det, at produktionsvirksomheder alene vil kunne få godtgjort omkring 75 % af deres energiafgifter anvendt til procesformål.
I foråret 2008 blev der indgået et energiforlig på Christiansborg, der bl.a. sikrede, at incitamenterne til at reducere CO2 skulle være ens, uanset om der er tale om virksomheder i eller uden for EU's CO2-kvotemarked. Det førte til, at tunge procesvirksomheder uden for CO2-kvotemarkedet fik tildelt et bundfradrag på brændsler baseret på historiske udledninger mod fjernelse af de lempeligere godtgørelsesmuligheder for tung proces. Loven afventer stadig godkendelse af EU-Kommissionen. Men Skattekommissionen foreslår en udfasning af dette bundfradrag i perioden 2013-2027. Det svarer til den udfasning af de gratis tildelte kvoter, som EU-Kommissionen i deres forslag til nyt kvotedirektiv ligger op til. Et forslag, som vil ramme energiintensive virksomheder hårdt og markant forværre deres konkurrenceevne.
CO2 er ikke den eneste form for udledning, som påvirker klimaet. Metan, lattergas og CFC-gasserne (freongasserne) er også en del af de såkaldte klimagasser. Der er med Kyoto-aftalen alene opsat mål for reduktion af CO2-udledningerne, men selv sagt vil reduktioner i de øvrige klimagasser også have positiv effekt på klimaet og den danske klimamålsætning. Skattekommissionen foreslår derfor indførelse af en afgift på de øvrige klimagasser, herunder på metan, svarende til CO2-afgiften på 150 kr./tCO2. Denne afgift vil ramme landbruget hårdt. Det betyder nemlig, at landbruget vil blive pålagt en afgift pr. ko på 600 kr. om året.
Skattekommissionen ønsker ikke yderligere skævvridning af biobrændsler i forhold til øvrige brændsler, som det nuværende afgiftssystem medfører. Biobrændsler såsom halm, flis, biodiesel og bioethanol m.v. er i dag ikke pålagt hverken energiafgifter eller CO2-afgifter, hvilket giver dem en afgiftsmæssig fordel. Ved at indføre en energiafgift på biobrændsler anvendt til rumvarme og varmt vand på 7,50 kr./GJ sikres det nuværende forhold mellem traditionelle, fossile brændsler og biobrændsler. Kombineret hermed ser Skattekommissionen det som oplagt, at også de decentrale nu får et frit brændselsvalg, således at naturgasbaserede værker får mulighed for at anvende biobrændsler.