Pengeinstituttet har både momspligtige indtægter og momsfritagne finansielle indtægter. Indkøb foretaget af pengeinstituttet til brug for begge disse aktiviteter, de såkaldte fællesomkostninger, giver ret til et forholdsmæssigt momsfradrag baseret på pengeinstituttets omsætning, jf. momslovens § 38, stk. 1. Den herved beregnede pro rata-sats kan oprundes til nærmeste hele tal. Det betyder, at hvis den momspligtige omsætning forholdsmæssigt udgør 17,03 % af den samlede omsætning, kan pengeinstituttet runde den delvise momsfradragsprocent op til 18. Dette gælder i øvrigt alle virksomheder med både momspligtige og momsfritagne aktiviteter.
Pengeinstitutter, som samtidig sælger momsfritagne finansielle ydelser til kunder uden for EU, kan endvidere i medfør af momslovens § 45, stk. 4, få en godtgørelse af den moms, som er knyttet til salg af disse tredjelandsydelser. Efter SKATs praksis skal der for denne aktivitet beregnes en særskilt godtgørelsesprocent med to decimaler.
Godtgørelsesprocenten beregnes efter dansk praksis på grundlag af forholdet mellem pengeinstituttets renteindtægter til tredjelandskunder og pengeinstituttets samlede renteindtægter.
Skatteministeriet tog under retssagen bekræftende til genmæle over for pengeinstituttets påstand om, at fradragsprocenten og godtgørelsesprocenten skal lægges sammen og herefter oprundes til nærmeste hele procent. Den herved fremkomne samlede fradragsprocent skal herefter anvendes i enhver sammenhæng. Det gælder indkøb til brug for både momspligtige aktiviteter og momsfritagne finansielle aktiviteter, samt momsfritagne finansielle aktiviteter vedrørende tredjelandskunder.
SKAT har endnu ikke kommenteret dommen.