Těsné spojení řízení a vlastnictví však přináší také rizika. Je-li vliv některých rodinných příslušníků dominantní, nejsou-li určeny kontrolní pravomoci jednotlivých členů rodiny nebo není-li upraveno nástupnictví, mohou vznikat rodinné spory s likvidačním dopadem na celé podnikání. Zavedení vhodného systému řízení rodinných podniků proto přispěje k výraznému snížení rizik.
Podniky s rodinným vedením musí sladit potřeby podniku s potřebami a nároky jednotlivých členů rodiny. K tomuto účelu poslouží jednoznačné písemné vymezení základních pravidel pro řízení rodinného podniku.