Na rozdíl od klasických systémů řízení pro veřejně obchodované společnosti, jejichž hlavní úlohou bývá zabránit nezákonnému jednání, má systém kontroly rodinného podnikání dvě základní roviny - upravit řídící a kontrolní mechanismy ve společnosti a současně zajistit soudržnost rodiny. Přitom je třeba sladit zájmy jednotlivých členů rodiny a dalších podílníků.
Systém řízení a kontroly rodinného podnikání se zakládá na dvou úzce provázaných oblastech:
- Pravidla pro rozhodování se zabývají především tématy, které se týkají rodiny vlastníků a příslušných rodinných grémií, jako jsou výbor společníků nebo rodinná rada.
- Kontrola podnikání se zaměřuje na otázku, jak v podniku zřídit transparentní a snadno kontrolovatelné struktury a nástroje pro řízení a dohled.
Rodinní příslušníci mají při určování podoby systému řízení a kontroly svého podnikání více volnosti než podniky orientované na kapitálové trhy. Většinou nemají povinnost zřizovat dozorčí orgán, informace o svém podnikání zveřejňují v omezené míře a nemusejí na kapitálových trzích obhajovat funkčnost svých podnikových kontrolních systémů.
Volnost při volbě podoby systému řízení a kontroly u rodinných podniků velmi často způsobuje rozpor mezi nutnými a skutečně implementovanými strukturami řízení. Pro rodinné podniky je proto obzvláště důležité, aby se otázky optimalizace organizační struktury a zavedení efektivních nástrojů řízení vždy řešily individuálně.