Rizikových faktorů je celá řada. Mohou to být výkyvy cen elektřiny – do konce roku 2008 ceny elektřiny stabilně rostly, poté ale v důsledku nastupující finanční krize nastal významný pád. Patří sem ale také měnová rizika či změny ve smluvním objemu.
Zvýšené riziko pro obchodníky s elektřinou spočívá především v tom, že se sníží poptávka ze strany konečných zákazníků, nebo ve financování otevřených kontraktů na nákup a prodej elektřiny na Power Exchange Central Europe (PXE) či od ostatních obchodních partnerů.
Způsob, jakým subjekty obchodují s elektřinou, také určuje, zda se smlouvy na nákup či prodej elektřiny kvalifikují jako finanční derivát, nebo se považují za obchod s fyzickou dodávkou komodity. Jedná-li se o deriváty určené k obchodování, změna jejich tržního ocenění by se měla vykázat ve výsledku společnosti již mezi datem uzavření smluv a datem jejich plnění. V druhém případě se výsledek obchodu vykazuje až k datu uskutečnění dodávky.
Podobně jako u obchodů s elektřinou je pro způsob, jakým se účetně zachycují jednotlivé obchody, rozhodující, zda se jedná o obchody s emisními povolenkami určenými pro vlastní spotřebu, či zda se jedná o obchody, které mají spekulativní prvek.
Drtivá většina obchodů má charakter mimoburzovních obchodů tzv. over the counter (OTC), a proto hlavní riziko spočívá ve schopnosti identifikovat a následně monitorovat skutečnou potřebu povolenek, které budou sloužit k pokrytí vlastní potřeby.